Įprastos organizacijos kultūros problemos gali būti dviprasmiškumas, prastas bendravimas ir nenuoseklumas. Tai gali prisidėti prie priešiškos ir nemalonios darbo vietos patirties, dėl kurios darbuotojai gali būti mažiau lojalūs ir gali prisidėti prie tokių problemų kaip priekabiavimas, patyčios ir didelė kaita. Įmonės, kurios nerimauja dėl savo struktūros ir organizacijos, gali pasitelkti išorės konsultantus, kad naujai pažvelgtų į savo kultūrą, taip pat gali norėti apsvarstyti galimybę naudoti darbuotojų vertinimus, kad gautų atsiliepimų iš savo darbuotojų. Šios priemonės gali padėti įmonėms nustatyti ir spręsti su organizacine kultūra susijusias problemas.
Dviprasmiškumas yra dažna problema. Darbuotojai gali nesuprasti, ko iš jų tikimasi, arba gali jaustis taip, lyg nurodyta politika prieštarauja faktinei praktikai. Pavyzdžiui, darbo vietos politikoje gali būti nurodyta, kad vadovybė palaiko sveiką darbo ir asmeninio gyvenimo pusiausvyrą, tačiau įmonė gali skatinti tik pavienius žmones, kurie nori dirbti ilgas valandas be skundų. Teigiama, kad įmonė yra draugiška šeimai, tačiau iš tikrųjų taip nėra.
Nenuoseklumas gali būti dar vienas organizacijos kultūros problemų veiksnys. Darbuotojams gali atrodyti, kad politika taikoma netolygiai ir teisingai; vadovai negali būti nubausti už veiklą, kurią darbuotojai tikėtųsi, pavyzdžiui, nubausti. Įmonės taip pat gali būti nenuoseklios įvairiuose skyriuose, o tai gali prisidėti prie pasipiktinimo. Pavyzdžiui, žmogiškųjų išteklių specialistai gali norėti sužinoti, kodėl informacinių technologijų skyrius turi geresnius biurus arba atrodo, kad visada atostogauja.
Prasta komunikacija yra dar viena dažna organizacinės kultūros problema bet kokio dydžio įmonėse. Darbuotojai gali blogai bendrauti vieni su kitais ir gali jaustis nepatogiai kreipdamiesi į vadovus su idėjomis, pasiūlymais ir rūpesčiais. Iš viršaus į apačią įmonės gali aiškiai suformuluoti lūkesčius ir tikslus, todėl darbuotojai gali sutrikti dėl to, ką jie turėtų daryti.
Kitos organizacijos kultūros problemos gali apimti prioritetų skirtumus. Darbuotojams gali atrodyti, kad įmonė per daug dėmesio skiria pajamoms ir verčia juos dirbti ilgas valandas, atsisakydama tokių teisių kaip pertraukos ir viršvalandžiai. Kai kurios įmonės turi organizacinę kaltės kultūrą, kuri verčia darbuotojus persitempti, kad galėtų atlikti darbą. Tai gali sukelti neigiamą reakciją, nes pasipiktinę darbuotojai vieni kitiems ar klientams išmes pyktį dėl organizacijos kultūros.
Prastas vadovavimas gali būti kita problema. Darbuotojams gali kilti problemų sekti žmones, kurių jie negerbia, arba priimti įsakymus iš vadovų, kurie, atrodo, nežino, ką daro. Jei lyderystė yra silpna, nenuosekli ar prastos reputacijos, ji gali prisidėti prie organizacijos kultūros problemų.
Įmonės, kurios žino, kad turi organizacinės kultūros problemų, gali jas apibrėžti, sudarydamos pavyzdžių sąrašus, kad suprastų problemų, kurias būtina spręsti, specifiką. Turėdami šią informaciją, jie gali pradėti spręsti situaciją. Pavyzdžiui, jei įmonės tikslai yra dviprasmiški, vadovybė gali susitikti ir aptarti, ką įmonė nori daryti ir kaip ji nori tai pasiekti. Šią informaciją galima perduoti įmonės darbuotojams, kad jie jaustųsi patogiau.