Skrandžio šuntavimo operacija yra sprendimas daugeliui žmonių, kurie kovoja su nutukimu, tačiau yra keletas nepageidaujamų poveikių, kurie dažniausiai yra susiję su šia procedūra. Tarp dažniausiai pasitaikančių skrandžio apėjimo problemų yra dumpingo sindromas, kuris atsiranda, kai skrandis ištuštėja per greitai, ir dehidratacija, kuri atsiranda, kai pacientas negeria pakankamai vandens. Nevirškinimas taip pat gali būti ypatinga problema pacientams, kuriems taikomas skrandžio pašalinimas. Be to, kai kuriems pacientams po skrandžio šuntavimo operacijos laikinai iškrenta plaukai.
Viena iš dažniausiai pasitaikančių skrandžio apėjimo problemų vadinama dempingo sindromu. Kai žmogus turi dempingo sindromą, jo skrandis greitai ištuštėja, o nesuvirškintas maistas patenka į plonąją žarną. Daugeliu atvejų tai atsitinka pacientui, sergančiam skrandžio aplinkkeliu, vos pavalgius. Būklės simptomai yra pykinimas, pilvo spazmai ir širdies plakimas. Dėl dempingo sindromo asmuo taip pat gali nusilpti, paraudti arba svaigti.
Dehidratacija taip pat yra viena iš dažniausių skrandžio apėjimo problemų. Po skrandžio šuntavimo operacijos daugumai žmonių reikia gerti daug vandens; gydytojas gali pasiūlyti pacientams po skrandžio šuntavimo operacijos išgerti apie 2 litrus (67.62 uncijos) vandens per dieną. Jei asmuo to nepadarys, jis gali dehidratuoti, jausti pykinimą ir vemti. Daugeliu atvejų pykinimas ir vėmimas tik pablogina paciento dehidrataciją. Kartais dehidratacija po skrandžio šuntavimo gali tapti tokia rimta, kad pacientą tenka hospitalizuoti ir leisti skysčių į veną.
Nevirškinimas taip pat yra viena iš labiausiai paplitusių skrandžio apėjimo problemų. Sutrinka virškinimas, kai organizmas nesugeba tinkamai virškinti maisto arba jam sunku tai padaryti. Tai sukelia tokius nemalonius simptomus kaip deginimo pojūtis arba nuo lengvo iki stipraus skausmo viršutinėje pilvo dalyje. Be to, kai kurie žmonės jaučiasi sotūs dar valgydami, pavalgę jaučiasi per daug sotūs, išsipūtę arba pykina, kai jiems sutrinka virškinimas.
Kai kuriems pacientams taip pat gali slinkti plaukai, kai jiems buvo atlikta skrandžio šuntavimo operacija. Tai gali būti tik nedidelis plaukų slinkimas arba didelis kiekis, priklausomai nuo paciento. Paprastai tai atsitinka dėl mitybos trūkumo, atsirandančio po operacijos. Tai taip pat gali atsirasti kaip organizmo reakcijos į greitą svorio kritimą, kurį pacientas patiria po skrandžio šuntavimo operacijos, dalis. Daugelis pacientų mano, kad papildų vartojimas padeda atsikratyti šio nemalonaus poveikio, ir dauguma žmonių mato šios problemos pabaigą praėjus keliems mėnesiams po operacijos.