Po vazektomijos kai kurie vyrai praneša apie įprastas problemas, tokias kaip mėlynės šalia pjūvio vietos, patinimas ir nedidelis diskomfortas. Šios vazektomijos problemos yra laukiamos ir paprastai trunka tik kelias dienas. Kai kuriais atvejais gali kilti rimtesnių komplikacijų, įskaitant infekciją po operacijos.
Beveik kiekvienas pacientas per kelias dienas ar savaitę po procedūros patirs keletą vazektomijos problemų, įskaitant mėlynes ir sėklidžių patinimą, taip pat skausmą ir diskomfortą. Įprasta praktika, kai šiems simptomams palengvinti gydytojas skiria geriamuosius skausmą malšinančius vaistus ir galbūt vaistus nuo uždegimo. Daugelis pacientų mano, kad naudinga trumpam uždėti ledo maišelį, kad būtų apribota kraujotaka ir sumažintas skausmas. Po vazektomijos pacientams paprastai nurodoma nedelsiant pranešti gydytojui, jei pasireiškia rimtesnė vazektomijos komplikacija, pvz., karščiavimas arba sėklidžių gabalėlių susidarymas.
Yra ir kitų rimtesnių vazektomijos problemų, kurios gali pasireikšti po operacijos, pvz., karščiavimas, infekcija ir būklė, vadinama spermos granulomomis, o tai reiškia spermos atsargas sėklidėse. Esant bet kuriai iš šių būklių, svarbu, kad pacientas kuo greičiau kreiptųsi į gydytoją. Karščiavimą dažniausiai galima gydyti namuose nereceptiniais vaistais ir poilsiu, tačiau jei yra infekcija, gydytojas norės apžiūrėti vietą ir atitinkamai pasielgti. Neįprasta, kad spermatozoidų granulomos sukelia problemų, o dauguma gabalėlių savaime ištirps per metus.
Keletas tyrimų pristatė idėją susieti vazektomiją ir didesnę prostatos vėžio riziką pacientams, kurie pasirenka šią procedūrą. Dauguma medicinos specialistų mano, kad nėra jokio ryšio tarp vazektomijos ir padidėjusio prostatos vėžio dažnio. Siūloma kiekvienam vyrui reguliariai lankytis pas gydytoją, kad patikrintų prostatą, kad būtų užtikrinta gera savijauta.
Nors tai reta, vazektomijos nepakankamumas yra problema nedaugeliui pacientų. Šių tipų vazektomijos problemų priežastis dažnai nežinoma, taip pat dalis priežasčių, dėl kurių pacientams patariama pirmuosius tris mėnesius po procedūros naudoti alternatyvias kontracepcijos formas. Jei pacientas laikosi spermos mėginių ėmimo grafiko, ši problema gali būti išspręsta prieš įvykstant neplanuotam nėštumui.