Atsižvelgiant į procedūros invaziškumą, dauguma juosmens punkcijos komplikacijų yra nedažnos. Dažniausia komplikacija yra galvos skausmas, kuris pasireiškia maždaug keturiems iš dešimties juosmeninę punkciją patyrusių pacientų ir paprastai praeina per vieną savaitę. Kitos komplikacijos yra rimtesnės, tačiau pasitaiko daug rečiau. Meningitas, nervų šaknelių pažeidimas ir užsitęsęs nugaros skausmas yra vienos iš galimų, nors ir retų, juosmens punkcijos komplikacijų.
Galvos skausmas, atsirandantis po juosmeninės punkcijos, vadinamas postduriniu punkcijos galvos skausmu. Jo priežastys nėra žinomos. Moterims ji pasireiškia dažniau nei vyrams ir rečiau – tiek jaunesniems, tiek vyresnio amžiaus pacientams. Keletas tyrimų rodo, kad juosmeninei punkcijai naudojamos adatos pasirinkimas turi įtakos tokio tipo juosmens punkcijos komplikacijų dažniui. Atrodo, kad adatos su pieštuku, o ne nuožulniais smaigaliais, žymiai sumažina galvos skausmus po punkcijų.
Tyrimai rodo, kad nei lovos režimas, nei ilgesnis buvimas ant nugaros neapsaugo nuo postduralinio galvos skausmo. Geriamasis kofeinas laikinai palengvina, bet trumpai veikia ir nepanaikina galvos skausmo. Veiksmingiausias gydymo būdas yra epidurinis kraujo pleistras. Pleistras klijuojamas po punkcijos ir palengvina iki 98 procentų pacientų, patiriančių galvos skausmą po punkcijos.
Rimtos juosmeninės punkcijos komplikacijos yra tonzilių išvarža, intrakranijinis kraujavimas ir infekcijos. Tokio tipo komplikacijos yra retos. Kai kurios komplikacijos dažniau pasireiškia pacientams, kurių sveikata ar būklė yra pažeista. Pacientai, turintys rimtų sveikatos sutrikimų, yra labiau linkę į pavojingas komplikacijas dėl juosmens punkcijos.
Smegenų skysčio mėginiai imami po juosmeninės punkcijos. Šis skystis supa smegenis ir nugaros smegenis. Skysčio tyrimas gali padėti diagnozuoti tokias ligas kaip meningitas, išsėtinė sklerozė ir smegenų kraujavimas. Procedūra kartais atliekama siekiant nustatyti smegenų spaudimo pokyčius. Slėgio skirtumas prieš skysčio pašalinimą ir po skysčio pašalinimo gali padėti diagnozuoti smegenų auglį arba infekciją.
Neurologai ar kitas apmokytas medicinos personalas atlieka juosmenines punkcijas. Procedūra dažniausiai atliekama apatinėje nugaros dalyje. Gydytojai pirmiausia išvalo, sterilizuoja, o kartais ir anestezuoja vietą aplink pasirinktą punkcijai vietą. Jie įsmeigia adatą tarp slankstelių ir juda į erdvę, užpildytą smegenų skysčiu. Kai skystis pašalinamas, gydytojai išima adatą ir uždengia punkciją steriliu tvarsčiu.