Kateterizavimo komplikacijos priklauso nuo kūno srities, kurioje įdėtas kateteris, ir nuo to, ar kateteris yra trumpą ar ilgą laiką. Į dažnų kateterizavimo komplikacijų sąrašą įtraukta infekcija, audinių pažeidimas, užsikimšimas, kraujagyslių pažeidimas, apsinuodijimas krauju ir alergijos. Infekcija yra universali vidinių kateterių tipų komplikacija.
Šlapimo takų kateteriai įvedami į šlaplę arba išorėje aplink varpą, kad nutekėtų šlapimo pūslė. Į vidų dedamus kateterius dažniausios kateterizavimo komplikacijos yra šlapimo takų infekcijos, užsikimšimas ir audinių pažeidimai. Užblokavimą sukelia mineralinės druskos, kurias gamina mikroorganizmai, sąveikaujantys su šlapimo nuosėdomis ir gali sukelti diskomfortą. Vidiniai kateteriai taip pat gali sukelti apsinuodijimą krauju, inkstų infekcijas ir inkstų pažeidimus, nors šie šalutiniai poveikiai yra retesni. Lateksas kateteriuose, kurie apgaubia varpą, kai kuriems pacientams gali sukelti alergines reakcijas.
Kateteriai taip pat įvedami į venų sistemą maistiniams skysčiams ir vaistams pernešti. Kateteriai gali būti įkišti į periferinę venų sistemą, pavyzdžiui, į ranką, pernešant į veną skysčius ar vaistus. Kateteris taip pat gali būti centrinės venos kateteris, kuris įdedamas į pagrindinę veną šalia širdies arba širdyje. Dažniausios centrinės venos įvedimo komplikacijos yra infekcija, kraujo krešulių susidarymas ir vamzdelio užsikimšimas. Periferinių venų kateteriai kenčia nuo tų pačių problemų, kaip ir centrinės venos kateteriai, tačiau dažniau nei centrinės venos kateteriai gali sukelti flebitą, venų uždegimą.
Kateterius taip pat galima įsriegti per kraujagysles į širdį. Tokiu atveju gydytojas, įkišęs vamzdelį, gali sukelti skausmą ir kraujavimą. Nors skausmas gali būti toks pat lengvas kaip įprastas diskomfortas, jis taip pat gali būti atsitiktinio kraujagyslės pažeidimo pasekmė – pažeidimas, kuris gali būti toks didelis, kaip kraujagyslės skylės, kai gydytojas manevruoja kateteriu į širdį. Pacientas taip pat gali būti alergiškas dažams, naudojamiems širdies kateterizavimo procedūroje.
Kūdikiui gali būti įvestas bambos kateteris, jei jam reikia nuolatinių maistingų skysčių, vaistų arba gydytojui reguliariai imti kraujo mėginius. Infekcija yra viena iš dažniausiai pasitaikančių kateterizavimo komplikacijų tokiose situacijose. Virkštelės kateteris taip pat gali apriboti kraujo tekėjimą į vieną iš kūdikio galūnių ar organų. Vamzdelyje taip pat gali susidaryti kraujo krešulys, kuris gali būti mirtinas.