Šunų agresija gali turėti medicininį pagrindą. Medicinos sukelta agresija gali baigtis urzgimu, spragsėjimu, dantų rodymu ir kūno padėtimi dominuojančia padėtimi. Medicininės šunų agresijos priežastys yra hipotirozė, hipoglikemija ir smegenų uždegimas.
Smegenų uždegimas, atsirandantis tokiomis sąlygomis kaip encefalitas, yra viena iš rimčiausių medicininių šunų agresijos priežasčių. Pasiutligė ir maras yra abu virusinio encefalito tipai. Smegenų uždegimo atvejais dėl ligų, tokių kaip encefalitas, agresija dažniausiai yra neurologinė reakcija į uždegimo poveikį smegenims.
Hipoglikemija arba mažas cukraus kiekis kraujyje yra dar viena galima agresijos priežastis ir gali būti arba nesusijusi su diabetu. Šunys, kurių cukraus kiekis kraujyje mažas, gali jaustis dezorientuoti ir keistai. Jei jie jaučiasi pažeidžiami, jie gali elgtis agresyviai, kad nepasirodytų silpni. Šunys, kurių cukraus kiekis kraujyje sumažėjęs, gali atrodyti stiklinėmis akimis ir žvelgdami į akis. Gali atsirasti silpnumas arba kolapsas. Veterinaras gali atlikti paprastą kraujo tyrimą, kad nustatytų hipoglikemiją.
Hipotireozė yra viena iš labiausiai paplitusių medicininių šunų agresijos priežasčių. Labai mažas skydliaukės lygis veikia nuotaiką. Kai kuriais atvejais skydliaukės pakaitinė terapija sumažino šunų, sergančių hipotiroze, agresiją. Svorio padidėjimas, mieguistumas ir daugybės plaukų slinkimas yra kiti hipotirozės simptomai.
Daugiau nei 50 skirtingų veislių ir mišrūnų yra jautrūs hipotirozei, ir tai yra viena iš labiausiai ištirtų šunų agresijos priežasčių. Elgesio pokyčiai, ypač agresija, dažnai yra pirmieji šios būklės požymiai. Netgi šuo, kuris kažkada buvo draugiškas nepažįstamiems žmonėms, gali tapti agresyvus, jei jo skydliaukės veikla yra labai žema. Veterinaras gali atlikti kraujo tyrimą, kad nustatytų hipotirozę.
Medicininės šunų agresijos priežastys kartais gali būti subtilesnės nei urzgimas ir spragsėjimas. Šuo gali staiga pradėti stovėti žmonėms ant kojų arba užblokuoti duris, siekdamas dominuoti. Manoma, kad kognityvinės disfunkcijos sindromas (CDS), kartais vadinamas „šunų Alzheimerio liga“, yra dar viena agresijos priežastis. CDS gali sukelti elgesio pokyčius dėl smegenų ląstelių praradimo dėl smegenų degeneracijos.