Dažniausios naujagimių mirtingumo priežastys yra priešlaikinis gimdymas, įgimtos sąlygos ir infekcija. Tikslūs tarifai skiriasi priklausomai nuo šalies. Besivystančiose šalyse tokios problemos kaip netinkama mityba ir ligos yra dažnos naujagimių mirtingumo priežastys, o išsivysčiusiose šalyse įgimtos sąlygos ir su priešlaikiniu gimdymu susijusios komplikacijos dažniausiai yra statistikos viršuje. Nemažai organizacijų, pavyzdžiui, Pasaulio sveikatos organizacija, dalyvavo kampanijose, kuriomis siekiama sumažinti naujagimių mirtingumą, kurio galima išvengti, ir motinų mirčių skaičių.
Sąvoka „naujagimių mirtingumas“ reiškia kūdikių mirtį per 28 dienas nuo gimimo. Gimimo defektai yra dažna priežastis; kai kuriais atvejais jie nenustatomi prieš gimdymą, o kitais atvejais jie diagnozuojami ir tėvai tęsia nėštumą žinodami apie riziką. Daugelis apsigimimų gali sukelti mirtį netrukus po gimimo, nes jie trukdo atlikti pagrindines funkcijas, tokias kaip kvėpavimas. Tokiais atvejais kūdikiui gali būti teikiama tik palaikomoji priežiūra. Kiti apsigimimai yra valdomi, tačiau negali būti gydomi regionuose, kur galimybės gauti sveikatos priežiūros paslaugas yra ribotos, todėl naujagimiai miršta.
Priešlaikinis gimdymas yra dar vienas dažnas kaltininkas. Nors neišnešiotų kūdikių priežiūra išsivysčiusiose šalyse iš esmės pagerėjo, per anksti gimusiems kūdikiams vis dar gresia didelė komplikacijų, pvz., infekcijų ir širdies aritmijų, rizika. Šalyse, kuriose moterys negali gauti aukštos kokybės ligoninės priežiūros priešlaikinio gimdymo metu, kūdikio išgyvenimo tikimybė radikaliai sumažėja. Kai kuriais atvejais pagrindinė priežiūra, pvz., kūdikio šildymas ir maitinimas, gali būti vienintelė medicininė pagalba.
Istoriškai dehidratacija dėl viduriavimo buvo labai dažna naujagimių mirtingumo priežastis besivystančiose šalyse. Tarptautinių sveikatos organizacijų pastangos šviesti tėvus apie rehidratacijos tirpalų naudojimą sumažino šį bendrą rizikos veiksnį. Kūdikiai taip pat gali mirti dėl netinkamos mitybos, dažno susirūpinimo bado metu, ir nuo infekcijų, tokių kaip plaučių uždegimas, nes jų kūnas yra per trapus, kad galėtų kovoti su infekcija.
Kita naujagimių mirtingumo priežastis yra staigios kūdikių mirties sindromas (SIDS). Šią būklę galima pastebėti įvairiose aplinkose – nuo tautų, kuriose prieiga prie sveikatos priežiūros yra puiki, iki atokių vietovių, kur motinoms ir vaikams teikiama ribota priežiūra. SIDS priežastys nėra gerai suprantamos ir net tada, kai tėvai vadovaujasi praktiniais patarimais, pavyzdžiui, naudoja patvirtintą patalynę, tai vis tiek gali atsitikti. Daugelyje šalių atliekami tyrimai, siekiant sužinoti daugiau apie tai, kodėl ir kaip atsiranda SIDS, siekiant sukurti geresnę jos prevencijos ir sprendimo praktiką.