Daugelis dažniausiai pasitaikančių nenormalių smegenų priežasčių kyla dėl problemų, atsirandančių vaisiaus ar ankstyvos vaikystės smegenų vystymosi metu. Kai kuriais atvejais šios problemos turi genetinių priežasčių. Kitais atvejais smegenų vystymosi problemos kyla dėl aplinkos veiksnių, įskaitant toksinių medžiagų poveikį ar aplinkos įtempimą. Fiziniai sužalojimai taip pat gali sukelti nenormalių smegenų vystymąsi. Kai kurie smegenų anomalijos atsiranda palaipsniui per visą gyvenimą.
Žmogaus smegenys yra nepaprastai sudėtinga struktūra. Žmogaus smegenų sudėtingumas reiškia, kad yra daug skirtingų būdų, kuriais jų vystymasis gali suklysti. Sunkiausios genetinės problemos paprastai būna mirtinos. Mažiau rimtos vaisiaus smegenų vystymosi problemos dažnai sukelia nenormalias smegenų struktūras.
Cerebrinis paralyžius yra viena dažna būklė, kuri dažnai atsiranda dėl nenormalaus smegenų vystymosi. Tai atsiranda dėl genetinių problemų. Paprastai tai yra susijusi su vystymosi problemomis gimdoje. Ši būklė gali pasireikšti įvairiomis formomis, tačiau dažniausiai paveikia smegenų ir nervų sistemos gebėjimą veiksmingai valdyti kūno raumenis. Smegenų trauma taip pat gali sukelti cerebrinį paralyžių, kuris gali pasireikšti vėliau.
Epilepsija, kaip ir cerebrinis paralyžius, dažnai yra struktūrinių smegenų anomalijų rezultatas. Tai gali sukelti genetiniai ar aplinkos veiksniai. Epilepsija sukelia neįprastos nervinės veiklos priepuolius smegenyse, kurie gali sukelti traukulius ar kitus simptomus.
Daugelis aplinkoje esančių medžiagų gali trukdyti smegenų vystymuisi arba sukelti smegenų pažeidimą. Švinas, dažniausiai švino dažų pavidalu, yra vienas gerai žinomų šios problemos pavyzdžių. Švinas pažeidžia daugelį smegenų audinio sričių, o didelis poveikis vaikystėje apribos smegenų vystymąsi.
Dėl fizinės galvos traumos gali atsirasti smegenų anomalijų. Mažai tikėtina, kad vienas lengvas galvos traumos įvykis, pavyzdžiui, smegenų sukrėtimas, sukels nuolatinius smegenų struktūros pokyčius. Tačiau rimtesnis ar pasikartojantis trauminis smegenų pažeidimas gali sukelti smegenų audinių patinimą, audinių mirtį ir mėlynes. Ši būklė gali sukelti daugybę simptomų, nes gali būti paveikta bet kuri smegenų dalis.
Smegenų augliai ir aneurizmos gali sukelti nenormalias smegenis. Augdamas auglys dažnai išstumia arba sunaikina sveiką smegenų audinį. Aneurizmos, išsiplėtusios smegenų kraujagyslės, taip pat gali daryti spaudimą šalia esantiems audiniams ir sukelti neurologinius simptomus.
Degeneraciniai smegenų sutrikimai atsiranda dėl laipsniško normalių smegenų struktūrų ir funkcijų irimo. Šie sutrikimai dažnai turi daugybę priežasčių. Genetika paprastai vaidina didelį vaidmenį, kaip ir gyvenimo būdas bei mityba.
Alzheimerio liga yra viena iš labiausiai paplitusių degeneracinių ligų, galinčių sukelti nenormalius smegenų sutrikimus. Tai atsiranda dėl laipsniško smegenų pažeidimo kaupimosi plokštelių, trukdančių normaliai smegenų veiklai, nefunkcinio atraminio audinio raizgimo ir prarastų neuronų ryšių pavidalu. Galutinis šios būklės rezultatas yra smegenys, kurios veikia lėčiau ir netvarkingai, o atminties praradimas ir emocinės kontrolės praradimas yra dažni simptomai. Ši liga labai paplitusi tarp vyresnio amžiaus žmonių.
Išsėtinė sklerozė yra daug rečiau paplitusi, tačiau jos poveikis smegenims yra panašus. Ši liga, kuri paprastai manoma, kad tai autoimuninė būklė, sukelia apsauginės dangos aplink nervų skaidulas irimą. Dėl šios dangos praradimo nervai tampa mažiau pajėgūs perduoti informaciją. Liga paprastai progresuoja ir atsinaujina, tačiau bendra ligos eiga sukelia smegenų degeneraciją.