Dauguma persileidimų atsiranda dėl priežasčių, kurių neįmanoma nustatyti. Daugelį jų sukelia chromosomų anomalijos, hormonai ir gyvenimo būdo pasirinkimas. Dažnai kyla problemų dėl implantacijos arba motinos amžius gali būti veiksnys. Kartais kaip priežastis nurodomas audinių atmetimas arba infekcija. Yra daug persileidimo priežasčių, ir nors chromosomų anomalijos greičiausiai yra dažniausios, įvairios vaiko tėvų charakteristikos gali padidinti kitų veiksnių tikimybę.
Chromosomų anomalijos yra viena iš dažniausių persileidimo priežasčių. Chromosomų problemos yra beveik visiškai atsitiktinės, nors tėvų genai gali sukelti persileidimą. Daug didesnė tikimybė, kad vaisius netektų dėl sugedusio kiaušinėlio ar spermos, o tai gali neatspindėti bendros tėvų reprodukcinio potencialo kokybės. Jei kartojasi persileidimai, labiau tikėtina, kad genetinė problema slypi viename iš tėvų.
Motinos sveikatos problemos taip pat yra dažnos persileidimo priežastys. Progesterono trūkumas yra ypač dažna motinų sveikatos problema, kuri kartais baigiasi savaiminiu persileidimu. Infekcija gali sukelti abortą, tačiau tai yra problema, kurios kartais galima išvengti. Dėl tam tikrų ligų, pvz., negydomo diabeto ar policistinių kiaušidžių sindromo, moterims kyla didesnė persileidimo rizika, tačiau tai nėra ypač dažna problema tarp gyventojų, nes apie tai paprastai sužinoma prieš bandant pastoti. Motinos amžius, nors ir nėra sveikatos problema, taip pat yra susijęs su didesniu persileidimų skaičiumi.
Paprastai gyvenimo būdas, kuris neigiamai veikia vaisius, nutraukiamas, kai tik nustatoma nėštumas, todėl elgesio problemos yra gana retos persileidimo priežastys. Moterys, kurios ir toliau užsiima tokia veikla kaip rūkymas, nesaikingas alkoholio vartojimas ir kofeino vartojimas nėštumo metu, gali dažniau patirti persileidimus. Kai kurie vaistai taip pat gali turėti įtakos nėštumui. Dauguma moterų labai rūpinasi vaisiaus saugumu, todėl šios vis dažnesnės persileidimo priežastys.
Daugelis veiklų, kurios paprastai sukelia persileidimą, iš tikrųjų yra gana saugios. Moterys gali toliau dirbti, sportuoti ir užsiimti lytiniais santykiais nekeldamos jokios papildomos rizikos vaisiui. Netgi tokios priežastys, kaip motinos trauma, vargu ar gali sukelti persileidimą, nes ankstyvosiose nėštumo stadijose vaisius yra labai apsaugotas motinos kūno. Tik rimta trauma ir ekstremali veikla gali sukelti persileidimą.
Nors tam tikros persileidimo priežastys pasaulyje yra dažnesnės, žvelgiant į konkrečias grupes, į sąrašo viršų kyla skirtingos priežastys. Pavyzdžiui, tarp grupių, kurios dažniausiai užsiima rizikinga veikla nesinaudodamos medicinos pagalba, pavyzdžiui, narkomanai, gyvenimo būdo pasirinkimas yra viena iš dažniausių persileidimo priežasčių. Tiesą sakant, skirtingose grupėse persileidimo dažnis yra labai skirtingas, todėl motina gali klaidingai įvertinti jos riziką. Jei tėvai nerimauja dėl persileidimo galimybės, gydytojo konsultacija paprastai gali pagrįstai įvertinti saugumą.