Rūgščios seilės gali atsirasti dėl daugelio įprastų problemų, kai kurios iš jų gana trumpalaikės, o kitos – ilgalaikės. Valgant tam tikrą maistą, vartojant tam tikrus vaistus ir esant vitaminų trūkumui, gali atsirasti rūgščių, blogo skonio seilių. Dėl to gali būti kaltos dantenų ligos, užkrėsti dantys ir kitos dantų problemos. Daug kartų kaltininkas yra anaerobinių bakterijų kaupimasis liežuvio gale, situacija, kurią gali pabloginti po nosies lašėjimo, lėtinis burnos džiūvimas arba tiesiog sumažėjusi seilių gamyba miego metu. Žmonės, kuriems yra rėmuo, taip pat gali pastebėti rūgštų skonį dėl rūgšties ir nesuvirškinto maisto, kuris vėl patenka į burną.
Daugeliu atvejų rūgščios seilės yra trumpa problema, kuri išnyksta savaime, kai priežasties nebėra. Valgant tam tikrus maisto produktus, kurie yra rūgštūs arba stipraus skonio, trumpam gali likti rūgštus skonis. Tai gali būti tam tikrų vaistų šalutinis poveikis, bet turėtų išnykti nutraukus vaistų vartojimą. Tam tikrų vitaminų, tokių kaip B12, trūkumas gali sukelti rūgščių seilių susidarymą, tačiau tai gali būti ištaisyta papildant savo mitybą.
Dantų problemos yra dar viena dažna rūgščių seilių priežastis. Žmonės, sergantys dantenų ligomis, kai dantenų audiniai pabrinksta, uždegami ir užsikrečia, gali pastebėti, kad jų seilės yra rūgščios ir nemalonios. Užkrėstas, pūlinis dantis taip pat gali sukelti rūgštų skonį dėl bakterijų pertekliaus burnoje.
Daugumos žmonių burnoje bakterijų pagausėjimas yra už rūgščių seilių. Taip dažnai nutinka paprasčiausiai todėl, kad miegant išsiskiria mažiau seilių, kurios jas suskaidytų, todėl ryte atsiranda rūgštus skonis ir blogas kvapas iš burnos. Žmonės, sergantys sinusų infekcijomis, gali būti labiau linkę į rūgščias seiles, nes liežuvio gale esanti gleivinė suteikia papildomo baltymo bakterijoms augti. Tie, kurie serga lėtiniu burnos džiūvimu, taip pat gali turėti problemų dėl bakterijų pertekliaus burnoje; ši būklė taip pat gali sutrikdyti skonio receptorių veiklą, o tai gali sustiprinti rūgštaus skonio įspūdį.
Rėmuo taip pat gali būti už rūgščių seilių atvejo. Dėl šios būklės skrandžio rūgštis ir kartais nesuvirškinto maisto dalelės patenka į gerklę ir burną, kur jos gali susimaišyti su seilėmis ir parūgštinti, o kartais ir kartoti. Tai gali būti vienkartinė ar retkarčiais iškylanti problema arba ji gali tęstis tiems, kurie serga lėtine liga.