Šekspyro sonetų temos nagrinėja meilės, senėjimo, grožio, laiko, geismo, praktinių įsipareigojimų ir nekompetencijos jausmų idėjas. Šios temos kyla iš Shakespeare’o charakterių santykių aprašymų. Jie taip pat akivaizdūs jo vartojamoje pasakojimo kalboje ir kalbėtojo vidinių jausmų paaiškinimuose. Papildomos Šekspyro soneto temos apima kovą tarp to, ką kolektyvinė visuomenė nori priimti, ir individo troškimų.
Šekspyro poezijoje yra mintis, kad grožis išnyksta su laiku, todėl žmogus tampa mažiau geidžiamas ir šiek tiek prislėgtas dėl savo egzistavimo. Vienos produktyviausių Šekspyro sonetų temų idėja yra ta, kad vaikai turi gimti, kad išlaikytų grožį. Kadangi neįmanoma išlaikyti idealaus kūno sudėjimo ir patrauklios išvaizdos, vienintelė viltis yra sukurti kitą kartą, kuri paveldės tas savybes. Laikas laikomas gyvybingumo, vertės ir fizinės tapatybės priešu.
Kita Šekspyro soneto tema yra tikros meilės ir paprasto seksualinio potraukio konflikto idėja. Poeto nuomone, dažnai kyla painiavos, kas yra kas. Geismas gali užmaskuoti save kaip meilę ir lengvai su ja sumaišomas. Egzistuoja pagunda siekti to, kas vizualiai vilioja, o ne skirti laiko atrasti tikrą jausmą.
Šekspyras taip pat tiria mintį, kad meilė ar meilės jausmai gali būti žalingi. Savo poezijos kalba autorius aprašo emocinius ir fizinius įsitraukimo į romantiškus santykius padarinius. Liga yra viena iš pasekmių, be neigiamų izoliacijos jausmų, atsirandančių išsiskyrus. Taip pat kyla pavojus būti pažeidžiamam užmezgant romantiškus santykius, nes asmenų gyvenimas, sprendimai ir savęs suvokimas tampa priklausomi vienas nuo kito.
Šekspyro sonetų temose yra simbolių naudojimas. Kai kurie iš jų yra žvaigždės, medžiai, gėlės ir oras. Pavyzdžiui, pasikartojantis orų ir metų laikų simbolis naudojamas perduoti audringą prigimtį, slypinčią už žmogaus jausmų. Santykiai dažnai išgyvena tokius pačius ciklus kaip ir orų modeliai, kuriuos Šekspyras aiškiai iliustruoja kai kurių savo eilių kalba.
Žvaigždžių simbolį autorius naudoja likimo idėjai perteikti. Užuot sutikęs su mintimi, kad likimas yra iš anksto nulemtas, Shakespeare’as tiria idėją apie individo gebėjimą susikurti savo likimą. Gėlės ir medžiai simbolizuoja subtilią gyvenimo ir grožio prigimtį. Kai kuriais atžvilgiais grožio turėjimas įpareigoja žmogų susilaukti vaikų ir užtikrina palankesnes sąlygas ateities kartoms.