Kalinių teisių klausimas apima pusiausvyrą tarp teisių, susijusių su buvimu tos jurisdikcijos, kurioje kalinys yra įkalintas, piliečiu, ir praktinių dalykų, susijusių su įkalinimu. Bene prieštaringiausias klausimas šia tema yra kalinio teisės balsuoti. Daugelis jurisdikcijų atšaukė balsavimo teisę, vadinamą „balsavimo atėmimu“ visiems, kurie yra nuteisti už tam tikrus nusikaltimus. Atsižvelgiant į kalėjimo apribojimus, pilietinės teisės, tokios kaip kalinių teisės į saviraiškos laisvę ir religijos laisvę, yra šios diskusijos priešakyje. Be to, kalinių nužmoginimas dėl prastų sąlygų kalėjimuose yra tema, į kurią dažnai kreipiasi kalinių interesų gynimo grupės.
Kalinio teisės balsuoti atėmimas yra karštų ginčų tema srityse, kuriose balsavimo teisė laikoma pagrindine kiekvienam piliečiui. Pavyzdžiui, kai kuriose JAV valstijose bet kuris asmuo, nuteistas už nusikaltimą, ty už nusikaltimą, už kurį gresia vienerių metų ar daugiau laisvės atėmimo bausmė, praranda teisę balsuoti. Tačiau daugelis valstybių atšaukė visus kadaise galiojusius teisės atėmimo įstatymus.
Kita kalinių teisių problema – kaip įkalinimas trukdo įvairioms pilietinėms laisvėms. Vienas dažnas skundas yra tas, kad žodžio laisvę dažnai riboja kalėjimo prižiūrėtojai, kurie liepia kaliniams nekalbėti kalbomis, kurių sargybinis nesupranta. Be to, kaliniams, kurie priklauso religijoms, kurioms melstis reikalingos ypatingos aplinkybės, dažnai sunku tai padaryti, atsižvelgiant į įkalinimo apribojimus. Argumentas yra tas, kad kaliniai turėtų pritaikyti savo religinius įsitikinimus kalėjime šiais specialiais tikslais. Kita vertus, kalėjimai tvirtina, kad įkalinimas reiškia tokių pagrindinių teisių sutrumpinimą.
Bene daugiausiai diskusijų sukėlusi kalinių teisių problema yra kalėjimų, kuriuose apgyvendinami kaliniai, sąlygos. Kalėjimų perpildymas yra problema, kurią dažnai aptarinėja kalinių teisių gynėjai. Šios organizacijos argumentuoja tuo, kad perpildžius šiuose kalėjimuose kalinių, neįmanoma išlaikyti sanitarinių sąlygų, o kaliniai tampa pažeidžiami kitų kalinių ir sargybinių daromos žalos. Be to, apgyvendinus daugiau kalinių, nei pajėgia priimti personalas, neįmanoma suteikti tinkamos medicininės pagalbos tiems, kuriems jos reikia.