Skausmas yra vienas iš sunkiausiai apibrėžiamų žodžių. Jį gali lydėti įvairūs pojūčiai – skausmas, deginimas, ašarojimas, dūrimas – ir įvairaus sunkumo, tačiau viena savybė, su kuria dauguma gali sutikti, yra tai, kad skausmas yra nemalonus. Daugeliu atvejų galima bent jau pagrįstai atspėti skausmo šaltinį. Tačiau kai kurių tipų, pavyzdžiui, sąnarių skausmų, vieta gali apsunkinti identifikavimą. Be to, daugelis sąlygų sukelia bendrą skausmą, kuris iš pradžių gali atrodyti neatpažįstamas. Negalavimai, galintys sukelti nepaaiškinamą skausmą, yra nervų disfunkcija, autoimuninis sutrikimas, maistinių medžiagų trūkumas ir somatoforminis skausmas ar kiti psichologiniai šaltiniai.
Uždegiminės ligos, ypač aplink kaulus ir sąnarius, gali sukelti patinimą ir dirginimą. Kadangi šie negalavimai atsiranda kūno viduje, skausmas iš pradžių gali atrodyti nepaaiškinamas. Toks uždegimas dažnai yra nedidelio sužalojimo ar infekcijos pasekmė. Susiję skausmai gali plisti išilgai kaulų, todėl skausmo šaltinį sunku nustatyti, todėl gali atsirasti, atrodo, nepaaiškinamas skausmas.
Tam tikri sutrikimai, tokie kaip autoimuninės ligos ir vėžys, taip pat gali nuniokoti subtilias vidines struktūras. Pirmuoju atveju dėl tokių ligų kaip vilkligė apsunkina organizmo apsauginių baltųjų kraujo kūnelių skirtumą tarp kenksmingų medžiagų ir normalių kūno audinių. Dėl to imuninė sistema iš tikrųjų atakuoja kūną, o tai greičiausiai sukels skausmą. Vėžinės ląstelės daro panašų žalingą poveikį sveikiems audiniams, ypač kai liga plinta ir įsiveržia į įvairias kūno vietas. Esant tokioms rimtoms ligoms gali būti taikoma bet kas, pradedant liaukomis ir baigiant kraujagyslėmis, o kūnui savo ruožtu atsiranda daugybė komplikacijų, įskaitant nepaaiškinamą skausmą.
Kitas pagrindinis skausmo šaltinis, kai nėra akivaizdžios priežasties, yra nervų sutrikimas. Nervų galūnėlės gali užsidegti ir sukelti dilgčiojimo ar deginimo pojūtį. Šie periodiniai diskomfortai gali atsirasti bet kurioje kūno vietoje ir pablogėti naktį arba prisilietus. Pagrindinės sąlygos, tokios kaip diabetas, celiakija ir autoimuniniai sutrikimai, gali sukelti nervų pažeidimą. Kai kuriais atvejais tikslios šių būklių priežastys nežinomos.
Netekus organizmui būtinų maistinių medžiagų, gali susilpnėti ir įvairios sritys, o tai gali sukelti iš pažiūros nepaaiškinamo skausmo. Pavyzdžiui, dėl vitamino D trūkumo kaulai gali tapti trapūs ir jautresni dilimui bei su tuo susijusiems skausmams. Kiti trūkumai gali paveikti raumenis ir odą.
Vienas paslaptingiausių ir judriausių kūno organų – smegenys – galiausiai yra atsakingas už bet kokį skausmą, nesvarbu, ar jis yra paaiškinamas, ar nepaaiškinamas skausmas. Šis organas siunčia ir priima signalus, kuriuos organizmas atpažįsta kaip skausmą. Retkarčiais smegenys gali netyčia siųsti šiuos signalus, nors tiksli šio atsako priežastis dažniausiai yra paslaptis. Fibromialgija yra viena būklė, kurią, kaip manoma, iš dalies sukelia jautrūs skausmo receptoriai smegenyse, ir jai būdingas didžiulis nuovargis ir skausmas po spaudimo. Be to, tam tikri psichologiniai veiksniai, tokie kaip stresas ir depresija, gali pakeisti smegenų chemiją ir sukelti skausmus, skausmus ir bendrą blogą savijautą.