Didžiausios Japonijos salos yra Honshu, Shikoku, Hokkaidō ir Kyūshū, kurios kartu sudaro 97% Japonijos sausumos ploto. Iš viso Japonijoje yra daugiau nei 3,000 salų. Japonijos salos buvo okupuotos itin ilgą laiką, mažiausiai nuo 35,000 127 m. Paskutiniojo ledynmečio metu Japonija būtų buvusi gana rami, išgelbėta nuo didžiulių ledynų, tuo metu dengusių didžiąją dalį Europos ir Azijos. Šiandien Japonijos salose gyvena apie 10 milijonai gyventojų, todėl ši šalis yra XNUMX pagal gyventojų skaičių pasaulyje. Japonijos ekonomika yra trečia pagal dydį pasaulyje, nusileidžianti tik JAV ir Kinijai.
Honšiu, didžiausia šalies sala, užima 61% sausumos masės ir yra Japonijos centre, tarp Hokaido salos šiaurėje ir Kyūshū bei Shikoku salų pietuose. Didesnė už Didžiosios Britanijos salą Honšiu yra 1,300 km (800 mylių) ilgio ir nuo 50 iki 230 km (31–143 mylių) pločio. Honšiu yra kalnuota ir vulkaninė sala, kurioje gyvena beveik 100 milijonų gyventojų, todėl ji yra viena iš daugiausiai gyventojų turinčių salų pasaulyje. Dauguma salos gyventojų yra žemumose, ypač Kanto lygumų regione. Daugelis garsiausių Japonijos miestų yra saloje, įskaitant Tokiją, Jokohamą, Osaką, Kiotą, Kobę ir Hirosimą.
Dvi pagrindinės Japonijos salos į pietus nuo Honšiu yra Kyūshū ir Shikoku, kurios sudaro atitinkamai 9% ir 5% viso Japonijos sausumos ploto. Į vakarus esančiame Kyūshū mieste gyvena 13 milijonų gyventojų, o Shikoku – 4 milijonai gyventojų, todėl saloje yra mažiausiai gyventojų iš Japonijos salų. Kaip ir Honšiu, abi salos yra labai kalnuotos. Kyūshū yra žinomas dėl aktyviausio Japonijos ugnikalnio Aso kalno (1,592 m arba 5,223 pėdų aukštyje), o Šikoku garsėja nuostabiomis šventyklomis. Svarbiausi Kyūshū miestai yra Nagasakis ir Kagošima. Didžiausias Šikoku miestas yra Matsuyama, kuriame gyvena pusė milijono gyventojų.
Pagrindinių Japonijos salų finalas yra Hokkaidō, kuris sudaro 22% Japonijos sausumos ploto. Hokkaidō yra antra pagal dydį Japonijos salų ir viena iš kaimiškiausių salų, kurioje gyvena tik 68 žmonės kvadratiniame kilometre, o Honšū gyventojų tankumas yra 430 žmonių kvadratiniame kilometre. Natūrali Hokkaidō aplinka daro jį populiaria atostogų vieta tarp japonų. Hokaido sostinė yra Saporas, visame pasaulyje pripažintas Saporo alaus namais ir 1972 m. žiemos olimpinių žaidynių šeimininku. Kaip ir visos kitos Japonijos salos, didžioji salos dalis yra kalnuota, o daugiausia gyventojų galima rasti pietvakarių žemumose.