Raugintos pupelės yra tos, kurios buvo išdžiovintos, o vėliau fermentuotos su įvairiais prieskoniais ir druska. Šios pupelės dažniausiai naudojamos Azijos virtuvėje. Galima fermentuoti daugybę skirtingų rūšių pupelių, įskaitant sojų pupeles, šparagines pupeles ir juodąsias pupeles, be kitų. Visų rūšių fermentuotos pupelės turi savo unikalų skonį ir tekstūrą.
Beveik visose pupelėse yra daug cukraus ir krakmolo. Kai pupelės fermentuojamos, bakterijos arba, rečiau, mielės, natūralius cukrus ir krakmolą paverčia pieno rūgštimi. Šis procesas padidina pupelių virškinamumą ir padidina vitaminų kiekį.
Juodosios pupelės, dažnai vadinamos kiniškomis juodosiomis pupelėmis arba sūdytomis pupelėmis, iš tikrųjų gaminamos iš juodųjų sojų pupelių, kurios buvo fermentuojamos. Perkant šios pupelės dažniausiai parduodamos džiovintos ir prieš naudojimą jas reikia nuplauti dėl didelio druskos kiekio. Jie gali būti patiekiami sveiki arba prieš naudojimą pamirkomi arba sutrinami. Iš šių fermentuotų pupelių gaminamas juodųjų pupelių padažas, dažnas daugelio kinų receptų ingredientas.
Raugintos sojos pupelės, kurioms buvo atliktas kiek kitoks fermentacijos procesas nei kiniškos juodosios pupelės, yra sodrios rudos spalvos ir labai stipraus kvapo. Japonijoje populiarios šios pupelės paprastai vadinamos natto. Jie dažnai patiekiami pusryčiams kartu su lipniais ryžiais.
Krapų pupelės yra marinuotos arba fermentuotos šparaginės pupelės. Šios rūšies fermentuotos pupelės buvo mirkomos vandens ir druskos vonelėje su prieskoniais, kol jos pradeda prisotinti deguonimi. Tai bus įrodyta, kai pupelės pradės skleisti mažyčius oro burbuliukus, pranešančius apie prasidėjusį fermentacijos procesą. Į vandens ir druskos tirpalą dedami krapai, todėl šios fermentuotos pupelės ir gavo savo pavadinimą. Krapų pupelės yra populiarus priedas prie kruvino Marijos kokteilio vietoj saliero lazdelės.
Geltonosios vaško pupelės taip pat dažnai fermentuojamos. Panašiai kaip ir krapų pupelės, šios pupelės fermentuojamos vandenyje ir prieskoniuose, dažniausiai įskaitant česnaką. Česnakai puikiai kontrastuoja su vaško pupelių skoniu, kuris kai kuriems gali būti šiek tiek beskonis. Šios pupelės dažnai dedamos į salotas arba gali būti patiekiamos vietoj marinuotų agurkų šalia mėsainio.
Fermentuotos pinto pupelės yra puikus priedas prie bet kokio lotyniško patiekalo. Jų galima dėti į tacos, salotas ir net į pusryčių burrito. Šias pupeles taip pat galima lengvai sutrinti, kad susidarytų tiršta pasta, kurią galima naudoti vietoje keptų pupelių.