Mikroskopo dalys gali skirtis nuo mikroskopo iki mikroskopo. Tačiau yra keletas dalių, kurios būdingos visiems mikroskopams. Pirmiausia mikroskopams reikalinga galinga šviesa, ypač tokia, kuri sustiprina vaizdą esant didžiausioms galioms. Kartais padidintos šviesos tikslui pasiekti naudojamos mikroskopo lempos, kartais pasiteisins tiesiog veidrodžio naudojimas. Jei veidrodis yra viena iš mikroskopo dalių, naudokite jį, kad atspindėtumėte šviesą iš išorinio šaltinio per scenos apačią.
Scena yra plokščia platforma, kuri, naudojant scenos spaustukus, laiko skaidres. Kartais mikroskopas turi mechaninę stadiją. Jei taip, scena pakels ir nuleis sukant vieną rankenėlę ir judės kairėn arba dešinėn naudojant antrą rankenėlę. Naudinga perkelti sceną tol, kol bandinys atsidurs virš šviesos, esančios žemiau scenos. Daiktas, kuris bus tikrinamas per mikroskopą, vadinamas pavyzdžiu.
Paprastai ant besisukančio antgalio yra keli objektyvai. Besisukantis antgalis yra viena iš mikroskopo dalių, kurioje telpa du, trys, keturi ar daugiau objektyvų – paprasčiausiai jį pasukite, kad padidintumėte arba sumažintumėte galią. Paprastai mėginys randamas naudojant mažiausią galią. Pavyzdžiui, jei mokslininkas pradeda nuo 4X padidinimo pavyzdžio; tada galia gali būti palaipsniui didinama iki 10X, 40X arba 100X, jei reikia. Be to, okuliaro lęšis – lęšis, pro kurį mokslininkas žiūri mikroskopo viršuje – gali būti padidintas 10 kartų; vadinasi, mėginys gali būti peržiūrimas 100X, 400X arba 1000X padidinimu, kai derinama okuliaro objektyvo ir objektyvo lęšio galia.
Kai kurios kitos mikroskopo dalys apima grubaus reguliavimo rankenėlę ir tikslaus reguliavimo rankenėlę. Šiurkščiavilnių reguliavimo rankenėle galima atlikti didelio masto koregavimus, kad mėginys būtų sufokusuotas. Tikslaus reguliavimo rankenėle galima atlikti nedidelius reguliavimus ir ji turėtų būti vienintelė rankenėlė, naudojama esant didesnei galiai.
Kitos mikroskopo dalys yra kondensatoriaus lęšis ir diafragma arba rainelė. Kondensatoriaus lęšis sufokusuoja šviesą į bandinį. Tai geriausiai veikia, jei naudojama esant didesnėms galioms, pvz., 400X ar didesnėms, ir padarys vaizdą daug ryškesnį. Diafragma arba rainelė yra besisukanti platforma po scena. Jame yra kelių dydžių skylės ir į stiklelį praleidžiamas įvairus šviesos kiekis – storesniam mėginiui reikia daugiau šviesos nei plonesniam.