Paprikos, Šiaurės Amerikoje dar vadinamos pipirais, yra augalai, linkę į keletą skirtingų ligų. Kai kurie elementai, sukeliantys šių augalų ligas, yra grybų, bakterijų ir virusų tipai. Dauguma ligų, pažeidžiančių papriką, pasireiškia tokiais simptomais kaip puvinys, vytimas, rudumas ir dėmės. Kai kurie iš jų, įskaitant grybelines ligas, gali būti matomi kaip pelėsiai arba pūslės ant augalo ar jo šaknų. Kai kurios dažniausiai pasitaikančios paprikos ligos yra miltligė, bakterinė dėmė, bakterinis puvinys ir pipirų marumo virusas.
Taip pat yra daugybė kenkėjų, kurie gali sunaikinti augalus ir pipirus, kurie iš tikrųjų yra paprika. Amarai, nematodai, vikšrai ir erkės yra kai kurie paprikos kenkėjai, kurie, maitindamiesi jais, gali pažeisti ir nužudyti augalus. Kai kurias paprikos ligas iš tikrųjų platina kenkėjai. Pavyzdžiui, pipirų marumo virusą gali platinti amarai, pernešantys jį nuo užkrėstų piktžolių.
Trys pagrindinės grybinių paprikos ligų rūšys pažeidžia paprikų ir kitų augalų šaknis, kai žemė lieka per drėgna. Kai dirvožemis išlieka vėsus, Pythium gali augti ir sukelti šaknų rudą ir puvimą. Šiltesnėje temperatūroje Rhizoctonia gali augti ir atsirasti rudų minkštų dėmių, kur augalas išnyra iš dirvožemio. Be to, Phytophthora gali augti ant šaknų ir apatinio stiebo, todėl augalai paruduoja ir sukelia šaknų puvinį.
Grybelinės ligos, kurios paprastai puola augalą ir pipirų vaisius, yra įvairių rūšių pelėsiai ir pelėsiai, kurie dažniausiai matomi kaip dėmės ir dėmės ant augalų ir paprikų. Dauguma šių grybelinių ligų gali paveikti įvairius pasėlius. Grybelines ligas sunku gydyti, o kai kurios iš jų negali būti nužudytos, kai tik atsiranda ant augalų. Tokiais atvejais augalus gali tekti pašalinti, kol dirva apdorojama, kad liga būtų nužudyta.
Virusinės ir bakterinės paprikos ligos paprastai neturi matomų požymių, tokių kaip pelėsis, tačiau pasireiškia simptomais, kai augalai nuvysta, paruduoja ir miršta. Juos gali platinti kenkėjai, rankos, sodo įrankiai ir net užkrėstos sėklos. Bakterinės dėmėtligės, bakterinis puvinys, margų virusai ir kelių rūšių pomidorų virusai yra vienos iš labiausiai paplitusių bakterijų ir virusinių paprika. Šios ligos paprastai negali būti išgydomos, jos gali pakenkti ir sunaikinti viską nuo mažų sodo sklypų iki didelių pasėlių.