Yra dvi skirtingos hidroponinių sistemų rūšys. Reikia naudoti ne dirvą, o kitą auginimo terpę. Kitas kaip auginimo terpę naudoja orą arba vandenį, paliekant atviras šaknis. Abiem rūšims reikalingas maistinis vandens tirpalas su ištirpusiomis mineralinėmis medžiagomis. Kiekvienas sistemos tipas turi tris pagrindinius variantus.
Hidroponinėse sistemose, kurioms reikalinga auginimo terpė, paprastai naudojami tokie produktai kaip smėlis, žvyras ir perlitas, kuris yra vulkaninė medžiaga. Augalų šaknys auga per terpę taip pat, kaip per dirvą. Maistinis tirpalas praeina per terpę, kad maitintų augalus. Kiti dažniausiai naudojami terpės tipai yra akmens vata, kokoso pluoštas ir vermikulitas. Yra trys vidutinio tipo sistemos variantai: dagčio sistema, atoslūgio sistema ir lašelinė sistema.
Wick sistema yra pati paprasčiausia hidroponinė sistema. Auginimo dėklas užpildomas terpe. Dėkle yra įvairių dagčių, kurios tiekia tirpalą iš rezervuaro į auginimo padėklą. Deguonis į vandens rezervuarą turi būti tiekiamas oro siurbliu. Visos sistemos, kuriose naudojamas rezervuaras, taip pat turi naudoti oro siurblį, vandens siurblį arba abu, kad vanduo būtų prisotintas deguonimi.
Atoslūgių sistema yra antrasis variantas. Auginimo dėklas užpildomas terpe. Vandens siurblys naudojamas tirpalui tiekti į terpę iš rezervuaro. Perpildymas auginimo dėkle grąžina tirpalą į rezervuarą. Paprastai siurblys veikia su laikmačiu.
Trečias variantas – lašelinė sistema. Lašelinė laistymo sistema tiekia tirpalą į augalų pagrindą. Auginimo padėklas dar kartą užpildomas terpe, ant terpės dedami lašinimo vamzdeliai, o tirpalas lašinamas per terpę. Prie auginimo padėklo pagrindo dedamas drenažas. Tada maistinis vanduo grąžinamas į rezervuarą arba išmetamas, o tai vadinama neatkūrimo sistema.
Hidroponinės sistemos, kuriose kaip auginimo terpė naudojamas oras arba vanduo, taip pat turi tris variantus: vandens kultūrą, maistinę plėvelę ir aeroponinę. Šių sistemų pranašumas yra tai, kad nereikia keisti ar pirkti terpės. Dviejų iš šių sistemų trūkumas yra tas, kad šaknis veikia oras. Nutrūkus elektrai arba nutrūkus siurbliui, šaknys gali išdžiūti.
Pirmoji iš šių hidroponinių sistemų vadinama vandens kultūra. Rezervuaras užpildytas tirpalu, o oro siurblys tiekia tirpalą deguonimi. Ant tirpalo uždedamas plaukiojantis auginimo padėklas, o šaknys atidengiamos tirpale. Auginimo padėklas gali būti pagamintas iš bet kokios medžiagos, kuri plūduriuoja. Plaukiojančiame dėkle įdedamos skylutės, o augalus palaiko nedideli krepšeliai.
Maistinės plėvelės sistema naudoja orą kaip auginimo terpę. Šios sistemos auginimo padėklas gali būti didelis vamzdis, pavyzdžiui, polivinilchlorido (PVC) vamzdis. Vandens siurblys tiekia maistinių medžiagų tirpalą iš rezervuaro, per vamzdelį ir atgal į rezervuarą. Auginimo vamzdelio viršuje išpjaunamos skylutės, o augalo šaknims leidžiama pakabinti vamzdeliu tekantį tirpalą. Auginimo terpė yra oras, todėl nutrūkus vandens siurbliui šaknys gali išdžiūti.
Aeroponinė sistema yra galutinis hidroponinių sistemų variantas. Auginimo terpė vėl yra oras, o tas pats siurblio pertraukimo trūkumas gali pažeisti šaknis. Auginimo padėklas gali būti bet koks, kuris gali palaikyti augalą virš rezervuaro, kad šaknys kabėtų ore. Vandens siurblys tam tikrais laiko intervalais į šaknis tiekia smulkią tirpalo dulksną. Su šia sistema paprastai naudojamas trumpo ciklo laikmatis.