Daugelis žmonių gali vartoti estrogenų blokatorius nepatirdami reikšmingo šalutinio poveikio, nors apie bet kokius naujus ar varginančius simptomus, atsirandančius pradėjus gydymą tokio tipo vaistais, reikia aptarti su juos skiriančiu gydytoju. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys šių medžiagų šalutiniai poveikiai yra galvos svaigimas, pykinimas ir karščio bangos. Papildomas šių vaistų šalutinis poveikis gali būti svorio padidėjimas, naktinis prakaitavimas ir makšties išskyrų pokyčiai. Sunkesnis šalutinis estrogenų blokatorių poveikis, ypač vartojant ilgą laiką, gali būti kraujo krešulių susidarymas, alerginės reakcijos arba padidėti rizika susirgti reprodukcinių organų vėžiu.
Dauguma estrogenų blokatorių šalutinių poveikių yra gana lengvi ir laikui bėgant gali mažėti, kai organizmas prisitaiko prie vaisto. Nedidelis galvos svaigimas yra dažnas skundas, tačiau jei šis simptomas tampa stiprus arba kartu su galvos skausmu, reikia pasikonsultuoti su gydytoju dėl tolesnio įvertinimo. Jei vartojant šio tipo vaistus atsiranda pykinimas, prieš vartojant vaistą gali būti naudinga pavalgyti arba išgerti stiklinę pieno.
Vartojant estrogenų blokatorius, gali pasireikšti karščio bangos, naktinis prakaitavimas ir kiti į menopauzę panašūs simptomai. Vartojantieji šiuos vaistus pranešė apie kaulų ar raumenų skausmą, svorio padidėjimą ir nuovargį. Vartojantiems šio tipo vaistus gali padidėti arba sumažėti makšties išskyros. Nors dauguma šių simptomų yra lengvi, kartais gali būti įmanoma koreguoti dozę, jei šis šalutinis poveikis tampa ypač varginantis.
Ilgai vartojant estrogenų blokatorius, padidėja rimtų šalutinių poveikių ar galimų mirtinų komplikacijų rizika. Kraujo krešulių gali susidaryti bet kuriuo gydymo metu, tačiau rizika smarkiai išauga ilgiau vartojant šiuos vaistus. Taip pat gali atsirasti kaulų retėjimo forma, vadinama osteoporoze, todėl padidėja lūžių tikimybė. Estrogenų blokatoriai gali padidinti krūties vėžio, kiaušidžių vėžio ar kitų reprodukcinę sistemą veikiančių vėžio formų riziką.
Alerginės reakcijos į estrogenų blokatorius yra nedažnos, nors galimos, net jei vaistai praeityje buvo gerai toleruojami. Lengvi alergijos simptomai gali būti lengvas odos bėrimas arba niežėjimas. Galimai gyvybei pavojinga alerginė reakcija, žinoma kaip anafilaksija, gali sukelti tokius simptomus kaip veido ar gerklės patinimas, krūtinės skausmas ar kvėpavimo pasunkėjimas. Šie simptomai turėtų būti traktuojami kaip neatidėliotina medicinos pagalba, todėl norint stabilizuoti paciento sveikatą, dažnai reikia hospitalizuoti.