Paprastai metadono poveikis kūdikiams klasifikuojamas pagal tai, ar vaistai buvo vartojami trumpą laiką, ar buvo piktnaudžiaujama chroniškai. Per trumpą laiką metadonas kūdikiams gali sukelti rimtų sveikatos problemų, tokių kaip kraujospūdžio sumažėjimas ir širdies susitraukimų dažnis. Priešingai, ilgalaikis piktnaudžiavimas metadonu dažniau paveikia kūdikio svorį ir dydį. Daugeliu atvejų kūdikiai, gimę motinos, kuri piktnaudžiavo metadonu, patys dažnai kenčia nuo metadono pašalinimo po gimimo. Tačiau tyrimai rodo, kad šie simptomai gali būti panaikinti maitinant krūtimi.
Daugeliu atvejų metadono vartojimas net vieną kartą gali sukelti labai rimtų pasekmių negimusiam kūdikiui. Neatidėliotinas metadono poveikis kūdikiams gali būti labai žemas kraujospūdis; žymiai sumažėjęs širdies susitraukimų dažnis; akių, burnos ir nosies sausumas; padidėjęs intrakranijinis spaudimas; ir kiti panašūs simptomai. Daugeliu atvejų šis metadono vartojimo šalutinis poveikis kūdikiams gali būti pavojingas gyvybei ir reikalauja nedelsiant gydyti. Be to, moterys, vartojančios metadoną net trumpą laiką, dėl šio narkotiko vartojimo gali patirti persileidimą.
Ilgainiui metadono vartojimas kūdikiams gali sukelti tokias pat rimtas sąlygas. Ilgai vartojant metadoną, gali sulėtėti kūdikio augimo greitis tiek ūgis, tiek svoris. Be to, kūdikių, gimusių motinoms, kurios ilgą laiką vartojo metadoną, galvos apimtis dažnai yra mažesnė nei įprasta. Laimei, šis poveikis išnyksta kūdikiui senstant ir bręstant vaikystėje. Tačiau kūdikiai, gimę metadonu piktnaudžiaujančioms moterims, paprastai turi žymiai mažesnį protinį pajėgumą nei tų, kurių gimsta narkotikų nevartojančių motinų, ir gali būti mažesni tiek elgesio, tiek psichologinių testų rezultatai.
Kūdikiams, patyrusiems didelį metadono kiekį, taip pat dažnai išsivysto metadono abstinencijos sindromas, kitaip žinomas kaip naujagimių opiatų abstinencijos sindromas. Tai būklė, kuri paveikia daugybę kūno sistemų, įskaitant kvėpavimo sistemą ir centrinę bei autonominę nervų sistemą. Kūdikiams, gimusiems su šia liga, yra didesnė rizika susirgti staigios kūdikių mirties sindromu arba SIDS, palyginti su kitais sveikesniais kūdikiais. Tačiau tyrimais nustatyta, kad šios būklės simptomus gali palengvinti motina ar kitas surogatas, kai maitina krūtimi. Tačiau daugeliu atvejų žindyti gali būti sunku arba net neįmanoma.