Pagrindinis ryšys tarp kūno kvapo ir ligos slypi simptominio šalutinio poveikio srityje. Kūno kvapas gali būti antrinis konkrečios ligos simptomas, todėl dažniausiai tokias problemas galima suvaldyti prižiūrint gydytojui. Geriausias būdas nustatyti, ar nuolatinis kūno kvapas atsiranda dėl ligos, o ne dėl bakterijų buvimo ar hormoninių pokyčių, yra daugiau sužinoti apie ligą, atkreipti dėmesį į kūno kvapo pokyčius ir pranešti apie tokius pokyčius gydytojui.
Labiausiai žinoma koreliacija tarp kūno kvapo ir ligų pasireiškia pacientams, kenčiantiems nuo hiperhidrozės, kuri dar vadinama pernelyg dideliu prakaitavimu. Nors hiperhidrozė dažniausiai yra rimta būklė, dažniausiai jos šalutinis poveikis yra šlapinimasis ir padidėjęs kūno kvapas. Geriausios nemalonaus kvapo prevencijos priemonės kenčiantiems nuo šios ligos yra dažnas maudymasis kartu su antiperspirantų, dezodorantų ir kartais anticholinerginių vaistų terapija.
Žmonės, sergantys cukriniu diabetu, gali nuolat pastebėti besikeičiančius kūno kvapo simptomus. Daugeliu atvejų diabetu sergančių žmonių nemalonaus kūno kvapo priežastis yra netinkama cukraus kiekio kraujyje kontrolė, o tai gali sukelti ketoacidozę arba padidėjusį ketoninių kūnų kiekį kraujyje ar kūno audiniuose. Kad būtų išvengta tokio ryšio tarp kūno kvapo ir ligų, diabetu sergantys pacientai turėtų griežtai laikytis paskirtų gydymo planų, skirtų kontroliuoti ir palaikyti cukraus kiekį kraujyje.
Vienas retas ryšys tarp kūno kvapo ir ligos yra trimetilaminurija – genetinė liga, kai organizmas negali apdoroti junginio, vadinamo trimetilaminu. Kai šis junginys kaupiasi kūno audiniuose, paveiktas asmuo dažnai skleidžia nemalonų kūno kvapą, kuris labai kvepia pūvančia žuvimi. Dažniausiai trimetilaminurija atsiranda dėl autosominių recesyvinių FMO3 genų mutacijų, tačiau kartais kaltininkė yra inkstų liga, maisto baltymai – tokie kaip kiaušiniai, ankštiniai augalai ar žuvis – arba trimetilaminą sukeliančių bakterijų padaugėjimas virškinimo sistemoje.
Kita liga, sukelianti nemalonų kūno kvapą, yra fenilketonurija (PKU), retas medžiagų apykaitos sutrikimas, galintis pažeisti nervų sistemą ir sukelti protinį atsilikimą. Daugelis tėvų yra susipažinę su šia liga, nes pirmasis naujagimio testas dažnai yra PKU testas, paprastai atliekamas netrukus po gimimo, imant kraujo mėginį iš kūdikio kulno. Be sunkesnių simptomų, žmonės, turintys PKU, dažnai skleidžia nešvarų kūno kvapą dėl aminorūgšties fenilalanino pertekliaus.
Kiti kūno kvapo ir ligų atvejai gali pasireikšti simptomiškai žmonėms, sergantiems kepenų liga, alkoholizmu ar grybelinėmis infekcijomis. Mitybos disbalansas ir mineralų trūkumas taip pat gali sukelti kūno kvapą. Konsultacijos su gydytoju ar kitu sveikatos priežiūros specialistu gali padėti išsiaiškinti pagrindines kūno kvapo pasikeitimo priežastis.