Keletą dešimtmečių buvo manoma, kad pakaitinė hormonų terapija (HRT) yra auksinis standartinis gydymas moterims menopauzėje, siekiant sumažinti simptomus, tokius kaip karščio bangos, nuotaikos iškraipymai, makšties sausumas ir kt. Estrogeno ir progestino derinys buvo naudojamas dažnai ir buvo laikomas saugiu moterims. Nuo 2002 m. buvo ne kartą abejojama šio gydymo saugumu, nes statistiškai reikšmingi tyrimai parodė, kad PHT turi daug rizikos veiksnių. Be to, pakaitinė hormonų terapija ir krūties vėžio rizika dažnai eina koja kojon, todėl daugelis gydytojų dabar mano, kad PHT yra paskutinė priemonė, o ne pirmenybė.
Vėlesni tyrimai patvirtino, kad pakaitinė hormonų terapija ir krūties vėžys yra susiję. Visų pirma yra įrodymų, kad PHT gali padidinti navikus, bet padaryti juos mažiau matomus mamografijos rezultatuose. Tai reiškia, kad moterims krūties vėžys dažniau diagnozuojamas vėlesnėse ligos stadijose, kai visiškos remisijos ar išgydymo tikimybė nėra tokia didelė. Manoma, kad PHT esantys estrogenai taip pat tiesiogiai prisideda prie vėžio augimo maždaug 66 % navikų, nes šiuose vėžiuose yra estrogenų receptorių. Estrogenų davimas maitina naviką ir gali padidinti jo dydį bei stiprumą.
2010 m. atlikti papildomi tyrimai rodo, kad ryšys tarp pakaitinės hormonų terapijos ir krūties vėžio sustiprėja vartojant ilgesnį laiką. Ilgalaikiai PHT vartotojai, kurie, kaip apibrėžiama, PHT vartoja penkerius ar ilgiau, turi didesnę tikimybę susirgti krūties vėžiu ir susirgti agresyvesnėmis ligomis, didinančiomis mirtingumą. Tai leistų manyti, kad jei PHT apskritai bus vartojama, planuojama vartojimo trukmė turėtų būti labai trumpa. Anksčiau daugelis moterų naudojosi šiais gydymo būdais dešimt ar daugiau metų, o tai labai padidino ankstyvo mirtingumo nuo krūties vėžio ar kitų vėžio formų riziką.
Daugelio tyrimų metu surinkti įrodymai rodo aiškią koreliaciją tarp pakaitinės hormonų terapijos ir krūties vėžio, tačiau PHT vis dar prieinama daugelyje sričių. Pavyzdžiui, JAV hormonų terapija gali būti naudojama po visiškos histerektomijos arba gali būti rekomenduojama, jei osteoporozė yra sunki. Dėl nuolatinio jo prieinamumo jį galima naudoti ne pagal etiketę, tradicinį menopauzės simptomų gydymą, o gydytojai vis tiek gali skirti arba rekomenduoti jį pacientams. Galbūt jo naudojimas yra pagrįstas, tačiau prieš naudodami pacientai turi visapusiškai apsvarstyti jo gyvybei pavojingo neigiamo poveikio galimybę.
Taip pat kyla klausimų dėl hormoninės kontracepcijos, kuriai naudojami tie patys hormonai, saugumo. Iki šiol pastebimas nežymus krūties vėžio rizikos padidėjimas, kuris tęsiasi maždaug 10 metų po paskutinio vartojimo, tačiau vėliau linkęs normalizuotis moterims, kurios nevartojo hormoninių kontracepcijos priemonių. Vis dar nežinoma, ar hormoninė gimstamumo kontrolė ir vėliau PHT gali turėti bendrą poveikį, padidinantį krūties vėžio riziką. Gali būti, kad normalaus hormono kiekio padidėjimas tais metais, kai juos gamina moterys, yra mažiau pavojingas, nei jų papildymas sumažėjus šių hormonų gamybai.