Skydliaukė yra kakle esanti liauka, kuri gamina hormonus, atsakingus už normalią medžiagų apykaitos funkciją. Ryšys tarp skydliaukės ir menstruacijų skiriasi, priklausomai nuo to, ar moters skydliaukė veikia normaliai, dirba per daug, ar nepakankamai. Jei skydliaukė veikia taip, kaip turėtų, greičiausiai tai neturės jokios įtakos moters menstruacijų ciklui. Pernelyg aktyvi skydliaukė, taip pat žinoma kaip „hiperaktyvi“, arba nepakankama skydliaukė, vadinama „hipoaktyvi“, gali sukelti nenormalių menstruacijų ciklų ir kitų problemų.
Kai žmogaus skydliaukė yra pernelyg aktyvi, tai vadinama hipertiroidizmu. Dėl šios būklės moters skydliaukė gali pagaminti daugiau hormonų, nei reikia jos organizmui. Merginoms, kurioms yra padidėjęs skydliaukės aktyvumas ir menstruacijų sutrikimai, mėnesinės gali prasidėti tik sulaukus 15 metų. Moterims, kurios susiduria su šia problema, menstruacijos paprastai būna labai nereguliarios ir labai lengvos.
Kalbant apie skydliaukę ir menstruacijas, per didelis skydliaukės hormonų kiekis dažnai reiškia, kad moteriai gali išsivystyti amenorėja arba oligomenorėja. Amenorėjos problema reiškia visišką menstruacinio ciklo nebuvimą moterims. Yra dvi skirtingos amenorėjos rūšys; pirmoji vadinama pirmine amenorėja, kurios metu moteriai niekada nepasireiškė mėnesinės, o kita – antrinė amenorėja, kai prasideda moters mėnesinių ciklas, bet vėliau nustoja atsirasti. Kita vertus, oligomenorėja yra retų mėnesinių būklė, diagnozuojama, kai moteriai per visus metus menstruacijos yra tik šešios ar aštuonios.
Kita problema, atsirandanti dėl ryšio tarp skydliaukės ir menstruacijų, yra hipotirozė. Esant tokiai būklei, skydliaukė negamina pakankamai organizmui reikalingų hormonų, todėl medžiagų apykaita tampa daug lėtesnė. Daugeliui jaunų merginų, turinčių šią problemą, mėnesinės prasideda nesulaukusios dešimties metų. Ši būklė gali sukelti tokius simptomus kaip svorio padidėjimas, nuovargis, depresija ir nuotaikos svyravimai ir dažnai sukels gausias mėnesines ir mėnesines, kurios atsiranda daug dažniau nei įprastai.
Moterims, kenčiančioms nuo nepakankamos skydliaukės veiklos ir menstruacijų problemų, kartais išsivysto problema, vadinama menoragija. Esant šiai problemai, moters mėnesinės gali gerokai pasunkėti ir trukti ilgiau. Kita galinti iškilti problema – dismenorėja, sukelianti itin skausmingas mėnesines. Ši problema gali sukelti labai stiprų mėšlungį ir skausmą moters rankose, kojose, nugaroje ir galvoje. Žmogaus žarnyno problemos taip pat gali kilti dėl dismenorėjos, sukeliančios nereguliarų tuštinimąsi.