Yra didelis skirtumas tarp protinio atsilikimo ir autizmo. Autizmas nėra protinio atsilikimo forma, nors atrodo, kad daugelis autistiškų žmonių elgiasi kaip žmonės, kenčiantys nuo atsilikimo. Tiesą sakant, autistai paprastai yra labai protingi. Priešingai, žmonės, turintys protinį atsilikimą, pagal apibrėžimą neturi kasdieniam gyvenimui reikalingų įgūdžių ir turi žemesnius nei vidutinius intelektinius gebėjimus.
Austiniai žmonės turi neįsivaizduojamą jutiminę patirtį. Daugeliu atvejų jie gali jautriai reaguoti į situacijas. Jiems taip pat gali būti sunku interpretuoti tai, ką jie patiria. Dėl to jiems įprasta vengti prisilietimo prie kitų žmonių. Jų smegenys gali neturėti pakankamai pojūčių, kad likęs jų kūnas žinotų, kas vyksta, o tai galiausiai sukelia daugiau painiavos autistams.
Autizmu sergančių žmonių klausos ir regėjimo problemos taip pat skiriasi. Daugelis girdimų garsų skauda ausis, nes jie negali tinkamai apdoroti garso. Kai žmonės su jais kalbasi, sunku suprasti, kas sakoma. Lyginant protinio atsilikimo ir autizmu sergančių žmonių regėjimo galimybes, autistams sunkiau atpažinti skirtingus veidus. Dėl ryškių šviesų ir mirgančių dažnių objektų pamatyti yra sudėtinga užduotis.
Protinio atsilikimo ir autizmo priežastys yra susijusios su keliais rizikos veiksniais. Infekcija, tokia kaip meningitas, kuri yra gimimo metu arba atsiranda vėliau, gali padidinti protinio atsilikimo tikimybę. Tai taip pat gali sukelti chromosomų anomalijos ir paveldėti medžiagų apykaitos sutrikimai, tokie kaip Tay-Sachs liga. Autizmo atveju prie to gali prisidėti nenormalus smegenų vystymasis arba gumbų sklerozė. Autizmas yra daugelio sutrikimų, dėl kurių smegenys tinkamai auga, rezultatas.
Žvelgiant į šių dviejų būklių skirtumus, protinio atsilikimo variantai yra suskirstyti į tris bendras kategorijas. Žmonės gali turėti lengvą, vidutinio sunkumo ar sunkų atsilikimą arba didelį protinį atsilikimą. Nedidelio atsilikimo ypatybės apima tik ribotos paramos poreikį ir nežymų vystymosi vėlavimą. Sunkus protinis atsilikimas rodo, kad asmuo turi kūdikio ar mažylio mentalitetą, nepaisant to, kad jis yra pilnametystės. Gilus lygis gali reikalauti, kad asmuo būtų institucionalizuotas.
Protiniam atsilikimui ir autizmui gydyti rekomenduojami atskiri gydymo planai. Pagrindinis tikslas gydant žmones, turinčius protinį atsilikimą, yra išugdyti jų potencialą. Smalsumo trūkumas ir nuolatinis kūdikiams būdingas elgesys yra protinio atsilikimo požymiai. Autizmo atveju nėra pagrindinio gydymo protokolo. Tyrimai parodė, kad struktūrinės elgesio programos geriausiai tinka autistams.