Antibiotikų ir imuninės sistemos ryšys yra sudėtingas, kurį svarbu suprasti. Daugeliu atvejų antibiotikai yra būtini, norint gydyti įvairias bakterines ligas ir infekcijas, kurios, negydomos, gali būti mirtinos. Tačiau nuolatinis nereikalingų antibiotikų vartojimas ar net dažnas jų naudojimas teisėtoms sąlygoms iš tikrųjų gali susilpninti imuninę sistemą. Dėl to ryšys tarp antibiotikų ir imuninės sistemos dažnai yra dviašmenis kardas; žmonėms jų gali prireikti, kad išgyventų, tačiau taip pat yra galimybė ilgainiui susilpninti imuninę sistemą ir ilgainiui sukelti didesnių problemų.
Imuninė sistema organizme išlieka subtilioje pusiausvyroje; Vienas iš aspektų yra sveikų bakterijų, kurios padeda virškinti, gamyba. Kai naudojami antibiotikai, jie naikina visas tikslinėje kūno vietoje esančias bakterijas, o ne tik žalojančias bakterijas. Tai gali sukelti vadinamąjį bakterijų disbalansą ir gali sukelti per didelį Candida augimą, kuris vėliau vadinamas mielių infekcija. Tai gali paveikti burną, lytinius organus ar kitas kūno vietas. Tai tik vienas iš būdų, kaip paveikiami antibiotikai ir imuninė sistema, tačiau tai vienas iš labiausiai paplitusių.
Kitas būdas, kuriuo antibiotikai ir imuninė sistema yra sujungti, yra tada, kai bakterijos pradeda tapti atsparios antibiotikams. Jei žmogus vartoja antibiotikus, o visos bakterijos nėra pakankamai sunaikintos arba viena bakterija gali atsispirti vaistams, šios bakterijos gali daugintis ir plisti, todėl reikės agresyvesnio gydymo antibiotikais. Taigi lengva sekti šiuo keliu ir pamatyti, kaip tam tikros ligos ar infekcijos gali tapti atsparios antibiotikams ir greitai išplisti tarp gyventojų. Šiandien tai yra viena didžiausių baimių dėl per didelio antibiotikų vartojimo; taip pat dėl šios priežasties pacientas, paskyrus jį, visada turi baigti visą vaistų kursą, net jei simptomai išnyksta anksčiau.
Net ir individualiai žmogus, kuris dažnai serga infekcijomis, kurioms reikia antibiotikų, turės vartoti stipresnius, ilgesnius kursus, kad užmuštų ligą, o tai gali palaipsniui susilpninti imuninę sistemą. Antibiotikų ir imuninės sistemos ryšys taip pat kelia susirūpinimą, nes jie patenka į maisto tiekimą, nes jie dažnai skiriami ūkiniams gyvūnams gamyklos operacijose; žmonių tada kasdien vartoja mažas antibiotikų dozes ir gali to net nesuvokti. Nors antibiotikai tikrai yra nuostabus medicinos technologijų pažanga ir išgelbėjo daugelio žmonių gyvybes, svarbu suprasti šio gydymo privalumus ir trūkumus ir juos naudoti tik tada, kai jų tikrai reikia.