Bėgant metams Atkinso dieta sulaukė ir stipraus palaikymo, ir didelio pasipriešinimo. Dalis prieštaravimo kyla dėl nemalonaus šalutinio poveikio, kurį patyrė žmonės, išbandę dietą. Keletas dažniausiai pasitaikančių Atkinso dietos šalutinių poveikių yra galvos skausmas, nuovargis ir kojų mėšlungis. Dietos šalininkai tvirtina, kad šie neigiami dietos šalutiniai poveikiai paprastai trunka neilgai, o kartais juos nusveria teigiamas Atkinso dietos šalutinis poveikis, pavyzdžiui, energijos padidėjimas.
Atkinso dietos kūrėjai pripažįsta, kad dažniausiai pradinėje dietos fazėje, kuri yra garsioji ribojančioji pradžios fazė, kai kurie žmonės jaučia galvos skausmą, raumenų skausmus ir nuovargį. Šiuos laikinus Atkinso dietos šalutinius poveikius jie priskiria reiškiniui, vadinamam „angliavandenių pašalinimu“. Vidurių užkietėjimas taip pat yra dažnas susirūpinimas, tikriausiai dėl to, kad trūksta skaidulinių daržovių. Jie rekomenduoja indukcijos fazėje naudoti skaidulų pakaitalus, jei vidurių užkietėjimas tampa varginantis.
Trumpalaikiai Atkinso dietos šalutiniai poveikiai, kuriais dažniausiai skundžiasi patys dietos besilaikantys asmenys, yra visi oficialiai pripažinti Atkinso, įskaitant nemalonų burnos kvapą, fizinės ir psichinės energijos bei ištvermės trūkumą ir raumenų nykimą. Kojų mėšlungis ir galvos svaigimas taip pat yra gana dažnas susirūpinimas, kuris gali kelti pakankamai nerimą, kad kai kurie besilaikantys dietos nustoja laikytis dietos. Blogas burnos kvapas dažnai siejamas su nemalonaus kvapo ketonų išsiskyrimu, o sumažėjusi fizinė ir psichinė energija paaiškinama tuo, kad organizmas, o ypač smegenys, nori deginti angliavandenius, kad kuras galėtų efektyviausiai veikti. Nepaisant to, kad Atkinsas teigia, kad dauguma šių šalutinių poveikių išnyksta po pradinės indukcijos fazės, daugelis dietos besilaikančių žmonių pastebi, kad kai kurie nemalonūs šalutiniai poveikiai išlieka visą dietos laiką, arba jie negali pakęsti šalutinio poveikio pakankamai ilgai, kad patikrintų, ar. problemos galiausiai išnyks.
Tačiau kai kurie besilaikantys dietos laikosi dietos ilgą laiką ir patiria daugiau teigiamų šalutinių poveikių nei neigiamų. Reguliariai minimas teigiamas poveikis yra padidėjęs, o ne sumažėjęs energijos kiekis ir žemesnis kraujospūdis. Kai kuriems žmonėms gali pasireikšti ilgalaikis neigiamas šalutinis poveikis dėl riboto vitaminų ir mineralų kiekio Atkinsui palankiuose maisto produktuose. Be to, daugelis dietos kritikų išreiškia susirūpinimą dėl to, kiek pagal šią dietą suvalgoma gyvulinių riebalų ir baltymų, o ne augalinių šaltinių, kurie laikomi sveikesniais širdžiai. Moksliniai įrodymai apie ilgalaikę Atkinso dietos naudą ar riziką sveikatai yra šiek tiek prieštaringi ir gali apimti bet ką nuo padidėjusios sveikatos ir gyvenimo kokybės iki daug didesnės širdies ligų rizikos.