Dauguma pacientų, vartojančių beta sitosterolį, nepatirs jokio šalutinio poveikio. Kiti gali patirti nedidelį šalutinį poveikį, kuris paprastai apsiriboja virškinimo trakto diskomfortu. Tačiau pacientai, sergantys tam tikromis ligomis, gali patirti rimtų šalutinių poveikių, galinčių sukelti arba pabloginti širdies ligas. Kaip ir vartojant bet kurį kitą vaistą, alerginė reakcija yra vienas iš galimų beta sitosterolio šalutinių poveikių ir reikalauja greito gydymo.
Dažniausias šalutinis poveikis paveikia paciento virškinimo sistemą ir dažniausiai pasireiškia tik tiems pacientams, kurie vartoja daugiau beta sitosterolio nei rekomenduoja gydytojai. Šis poveikis gali būti mėšlungis, virškinimo sutrikimas, per didelis dujų susidarymas ir pykinimas. Vartojant šį priedą, pacientai taip pat gali užkietėti arba viduriuoti. Vartojant beta sitosterolį vėmimas paprastai nepasireiškia, nors pacientai, linkę vemti, gali tai daryti prasidėjus pykinimui. Dažniausiai pacientai, kuriems pasireiškia toks galimas šalutinis poveikis, rimtai nesijaudina ir toliau vartoja papildą, kaip nurodyta.
Vyrai taip pat gali patirti seksualinį šalutinį beta sitosterolio poveikį. Buvo žinoma, kad šis priedas sumažina lytinį potraukį ir sukelia erekcijos sutrikimus. Šie simptomai išnyksta pacientui nustojus vartoti beta sitosterolį ir paprastai nekelia susirūpinimo, ypač jei pacientas šio papildo vartoja tik trumpą laiką.
Beta sitosterolis taip pat gali pakenkti paciento gebėjimui įsisavinti vitaminą E ir karotinus. Šis beta sitosterolio šalutinis poveikis gali sukelti neurologinių problemų arba ilgalaikių sveikatos komplikacijų. Abu šie galimi poveikiai atsiranda dėl vitaminų trūkumo, o ne dėl paties beta sitosterolio ir gali būti ištaisyti papildomai vartojant vitaminus E ir A. Kad išvengtų trūkumo, pacientai taip pat gali valgyti maistą, kuriame gausu šių vitaminų.
Retai gali pasireikšti sunkios alerginės reakcijos kaip šalutinis beta sitosterolio poveikis. Alerginės reakcijos požymiai yra bėrimas arba dilgėlinė, veido ar burnos patinimas, pasunkėjęs kvėpavimas ir širdies susitraukimų dažnio ar kraujospūdžio pokytis. Pacientams, kuriems pasireiškia šie simptomai, reikia nedelsiant kreiptis į gydytoją, kad būtų galima gydyti alerginę reakciją.
Taip pat pacientams, sergantiems sitosterolemija, gali pasireikšti nepageidaujamas beta sitosterolio šalutinis poveikis. Šiems pacientams beta sitosterolis gali sukelti širdies ligą arba pabloginti esamą širdies ligą. Taip atsitinka todėl, kad sitosterolemija sergančių pacientų organizme jau yra per daug beta sitosterolio, kuris gali užkimšti arterijas ir pažeisti širdį.