Nors yra diskutuojama, kokios rūšies cheminė medžiaga, kurią gamina organizmas, yra citokinas, medicinos biochemikai sutaria dėl jų funkcijos. Pagrindinis citokinų vaidmuo apima reguliavimą ir ryšį. Citokinus dažnai gamina organizmas, reaguodamas į disbalanso sąlygas, įskaitant ligas ir fizines traumas, ir tai yra bandymas sureguliuoti kitas kūno dalis, kad būtų atkurta tinkama pusiausvyra.
Žinoma, sutariama, kad citokinai yra baltymai. Vienas iš pagrindinių citokinų vaidmenų iš esmės yra reguliavimas, ir šiuo atžvilgiu jie yra labai panašūs į hormonus. Tačiau pastarąsias išskiria specializuotos diskretiškos liaukos, o citokinus išskiria labiau apibendrinti audiniai, pasklidę po visą kūną. Tai imuninės sistemos ląstelės, vadinamosios nervų sistemos glialinės ląstelės, taip pat vidinės ir išorinės sienelės ląstelės, kurios formuoja ir apsaugo organus. Dauguma hormonų taip pat turi visos sistemos poveikį, o dauguma citokinų turi tik vieną specifinį ir tikslinį poveikį.
Biochemikai nustatė ir klasifikavo daugybę įvairių junginių, kurių kiekvienas yra unikalus konkrečių kūno funkcijų reguliatorius. Reguliavimo funkcija yra viena iš moduliavimo, grįžtamojo ryšio ir reakcijos aukštyn arba žemyn, siekiant išlaikyti tinkamą sveiką pusiausvyrą. Vienas iš svarbesnių yra organizmo imuninė sistema, o du pagrindiniai citokinai yra interleukinai ir interferonai. Infekcijos ar traumos atveju šie nelaimės signalai užtvindys kraują. Kai kurie medicinos mokslininkai apibrėžia citokinų, kaip imunomoduliuojančių medžiagų, vaidmenį.
Pagrindinis citokinų vaidmuo taip pat yra chemiškai bendrauti su kitomis atokiomis kūno ląstelėmis, signalizuojant arba skatinant jas atlikti atitinkamas funkcijas ir reguliuoti jų funkcijas. Dauguma citokinų yra specifiniai taikiniams; jų baltymas yra tiksliai sukonstruotas taip, kad atitiktų ląstelės, kurią ji bando signalizuoti, sienelės struktūrą. Priešingai nebūtinai yra tiesa; skirtingi citokinai gali būti nukreipti į tą pačią ląstelę ir sukelti tą pačią reakciją. Manoma, kad citokinai taip pat turi tam tikrą vaidmenį inicijuojant kai kuriuos vaisiaus vystymosi etapus.
Paprastai, kai šie baltymai suranda atitikmenį ir prisitvirtina prie savo taikinio, ląstelė tam tikru būdu pakeičia normalų, stabilų funkcionavimą. Paprastai nurodymas yra tiesiog pagreitinti arba slopinti ląstelės medžiagų apykaitos greitį, tačiau citokinų vaidmuo taip pat gali būti nurodymas nutolusioms ląstelėms atlikti užduotis, viršijančias jų įprastas ribas. Atrodo, kad kai kurie tiesiog inicijuoja ląstelių reakcijų grandinę arba kaskadą. Pavyzdžiui, tikslinei ląstelei gali būti liepta gaminti kitą citokiną, tam tikrą ląstelių ryšio lazdelę.
Tarp labiausiai ištirtų citokinų yra interleukinai, kurie pirmiausia nukreipia ir įtakoja baltuosius kraujo kūnelius arba leukocitus. Juos gamina gerybinis, bet svarbus baltųjų kraujo kūnelių tipas, vadinamas T pagalbinėmis ląstelėmis, kurių yra du skirtingi tipai, vadinami Th1 ir Th2. Viena interleukinų klasė yra atsakinga už T-ląstelių, baltųjų kraujo kūnelių, kurie agresyviai siekia sunaikinti invazinius agentus kraujyje, taip pat vietines kūno ląsteles, kurios tapo nenormalios, pavyzdžiui, dėl virusinės infekcijos ar vėžio, augimą ir dauginimąsi. Kita interleukinų klasė pritraukia dar vieną ypač stiprių baltųjų kraujo kūnelių tipą, vadinamą Natural Killer arba NK ląstelėmis.