Šalutinis omeprazolo poveikis nuo lengvų ir įprastų sveikatos problemų sukelia rimtesnių problemų. Kai kuriais atvejais šis šalutinis poveikis gali turėti įtakos kitoms jau esamoms ligoms. Nedideli nusiskundimai yra pykinimas ir skrandžio skausmas, pasireiškiantis tokiais simptomais kaip burnos patinimas ir pasunkėjęs kvėpavimas, rodantys sunkesnę reakciją į vaistą. Omeprazolas dažniausiai naudojamas kaip lėtinio rėmens ir rūgšties refliukso būklių gydymas. Kaip ir vartojant bet kokio tipo receptinius vaistus, medicinos bendruomenė primygtinai rekomenduoja pacientams pranešti apie bet kokią nedidelę ar rimtą vaisto vartojimo komplikaciją, kuri pasirodo esanti ilgalaikė arba varginanti.
Vienas iš dažniausiai pasitaikančių omeprazolo šalutinių poveikių yra pykinimas ir skrandžio skausmas. Taip pat gali atsirasti kitų skrandžio sutrikimų, ypač vėmimas ir nedidelis mėšlungis. Neįprasti dujų simptomai taip pat gali sukelti problemų kai kuriems žmonėms, neseniai pradėjusiems tokio tipo gydymą. Kai kurie pacientai, kuriems buvo paskirtas šis rūgšties refliukso vaistas, praneša apie nedideles problemas, susijusias su dažnai pasitaikančiais galvos skausmais. Dauguma medicinos specialistų nemano, kad šie simptomai yra ypač pavojingi, tačiau pacientui rekomenduojama kreiptis į gydytoją, jei dirginantys simptomai nepraeina savaime per reikiamą laiką.
Nors pacientai taip pat pranešė apie neįprastą, vidutinio sunkumo šalutinį omeprazolo poveikį. Kai kurie žmonės patyrė reakcijų į omeprazolą, kurios labai panašios į įprastų alergijos priepuolių simptomus, pvz., odos bėrimą, dilgėlinę ir spaudimo jausmą krūtinėje. Šie pacientai taip pat gali pastebėti tam tikrą kvėpavimo pasunkėjimą ir burnos, įskaitant liežuvį ir lūpas, patinimą. Kitos nepageidaujamos reakcijos yra į gripą panašūs simptomai, tokie kaip karščiavimas, šaltkrėtis ir gerklės skausmas. Pacientai, kuriems pasireiškia šie šalutiniai poveikiai, turėtų kuo greičiau paskambinti gydytojui, kuris jį išrašė, kad paaiškintų, ar tęsti gydymą, ar ne.
Labai retais atvejais buvo pranešta apie neįtikėtinai sunkų omeprazolo šalutinį poveikį, įskaitant stiprų kaulų skausmą, traukulius ir nepaaiškinamas bei neįprastas mėlynes ir kraujavimą. Kai kuriems pacientams, vartojant omeprazolą, oda paraudo ir atsirado pūslių, atsirado rimtų regėjimo pokyčių ir labai nuovargis. Skrandį taip pat gali paveikti skausmingi ir lėtiniai mėšlungiai ir viduriavimas. Papildomos sunkios reakcijos yra neįprastai tamsus šlapimas, rankų ir pėdų patinimas, taip pat staigus svorio padidėjimas. Šios alerginės reakcijos vaistams rodo galimus inkstų ir kepenų sutrikimus, todėl pacientas turi pranešti gydytojui ir nedelsiant kreiptis į gydytoją, jei atsiranda šių simptomų.