Dažniausias astaksantino šalutinis poveikis yra nekenksmingi pigmento pokyčiai, pvz., šiek tiek oranžinis odos arba išmatų atspalvis. Net ir vartojant dideles dozes, toksinio poveikio nei gyvūnams, nei žmonėms nepastebėta. Kiti, retesni astaksantino šalutiniai poveikiai turi didesnį poveikį, o tokie šalutiniai poveikiai kaip žemas kraujospūdis ir hormonų lygio pokyčiai gali turėti rimtų pasekmių sveikatai.
Astaksantinas dažniausiai naudojamas kaip pašarų priedas, o krabams, krevetėms, omarams ir lašišoms suteikia pigmento, suteikdamas jiems pažįstamą rausvai oranžinę spalvą. Pagal Jungtinių Valstijų federalinių taisyklių kodeksą astaksantinas, kaip gyvūnų pašarų papildas, paprastai pripažįstamas saugiu, ir dauguma žmonių gali vartoti astaksantinu maitinamas jūros gėrybes be jokios reakcijos. 1999 m. JAV Maisto ir vaistų administracija pripažino astaksantiną kaip maisto ingredientą žmonėms vartoti.
Kaip maisto papildas astaksantinas dažniausiai naudojamas kaip antioksidantas cholesterolio kiekiui mažinti. Advokatai taip pat rekomenduoja astaksantiną gerinti akių sveikatą ir gydyti riešo kanalo sindromą, artritą, raumenų pažeidimus, virškinimo trakto sutrikimus ir vyrų nevaisingumą. Tačiau reikia pažymėti, kad nėra pakankamai įrodymų, patvirtinančių bet kurį iš šių teiginių, ir nėra įrodyta, kad šis priedas yra naudingas sveikatai.
Dažnas astaksantino šalutinis poveikis yra padidėjusi pigmentacija, plaukų augimas, hormonų lygio pokyčiai ir žemas kraujospūdis. Taip pat buvo pastebėtas sumažėjęs kalcio kiekis, sumažėjęs lytinis potraukis ir krūtų padidėjimas vyrams, tačiau šie astaksantino šalutiniai poveikiai yra retesni. Alerginės reakcijos taip pat galimos ir gali būti gana pavojingos. Astaksantino ir astaksantinu maitinamo maisto turėtų vengti visi, kurie yra alergiški šiai medžiagai.
Vaistų sąveika yra dar vienas rimtas susirūpinimas. Pavyzdžiui, astaksantinas gali sustiprinti kraujospūdį mažinančius vaistus, todėl kraujospūdis gali pavojingai sumažėti. Gydymas hormonais ir gimstamumo kontrolė gali turėti įtakos papildo poveikiui hormonų lygiui. Panašios kryžminės reakcijos buvo pastebėtos vartojant kai kuriuos antihistamininius vaistus, o vaistai nuo astmos gali blogai reaguoti į astaksantiną. Taip pat gali būti paveikti kepenų fermentai, kurie yra atsakingi už įvairių vaistų pašalinimą iš kraujo, todėl padidėja šių vaistų kiekis kraujyje.
Reakcijos taip pat galimos vartojant kitus papildus ir vaistažoles. Pjūklo palmė, juodasis šeivamedis ar kiti hormonus veikiantys vaistai gali reaguoti nenuspėjamai. Astaksantino šalutinį poveikį, pvz., žemą kraujospūdį ir sumažėjusį kalcio kiekį, gali sustiprinti panašaus poveikio medžiagos. Kitų karotinoidų antioksidantų, tokių kaip beta karotinas ir likopenas, naudojimas kartu su astaksantinu sumažins absorbciją ir nerekomenduojamas.