Ciprofloksacinas dažnai skiriamas kovojant su bakterinėmis infekcijomis, tačiau yra keletas šalutinių poveikių, kurių galima tikėtis vartojant šį vaistą. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys poveikiai apima skrandžio sritį, nes dažniausiai būna pykinimas, viduriavimas, rėmuo ir vėmimas. Kai kuriems pacientams taip pat gali pasireikšti galvos skausmai, makšties niežėjimas ir gausus šlapinimasis, nors dėl tokio ciprofloksacino šalutinio poveikio paprastai nereikia nedelsiant kreiptis į gydytoją. Kita vertus, apie tam tikrus neigiamus požymius, tokius kaip bėrimas, karščiavimas, depresija ar į gripą panašūs simptomai, reikėtų kuo greičiau pasakyti gydytojui. Kai kurie netgi reikalauja skubios pagalbos, nes gali būti pavojingi gyvybei, įskaitant gerklės spaudimą, švokštimą ir nereguliarų širdies plakimą.
Daugelis pacientų, vartojančių šį vaistą, patirs tam tikrą šalutinį poveikį, kol jų kūnas prie to pripras, o tada simptomai turėtų išnykti. Skrandžio problemos yra vienas iš dažniausiai pasitaikančių ciprofloksacino šalutinių poveikių, tokių kaip viduriavimas, pykinimas ir vėmimas. Taip pat gali pasireikšti rėmuo ir skrandžio skausmas, kartu su galvos skausmais ir skubiu šlapinimusi. Galiausiai moterys gali pastebėti makšties išskyras ir niežulį. Nors šie ciprofloksacino šalutiniai poveikiai dažnai vargina, jie nelaikomi pavojingais gyvybei, todėl juos pastebėję pacientai raginami toliau vartoti vaistus, kol jie galės paminėti problemą savo gydytojui kito susitikimo metu.
Kai kurie ciprofloksacino šalutiniai poveikiai nėra laikomi normaliais ir gali sukelti rimtų problemų. Pavyzdžiui, kai kurie žmonės pastebi neigiamus fizinius simptomus, kurie gali būti odos bėrimas, dilgėlinė, staigios mėlynės ir drebulys. Kiti gali manyti, kad jie serga gripu, nes gali pasireikšti nuovargis, karščiavimas ir apetito praradimas. Šie pacientai gali nesitikėti, kad pasikeis psichinė būsena, nes šis vaistas gali sukelti depresiją, nerimą, sumišimą ir paranoją. Šie ciprofloksacino šalutiniai poveikiai gali būti laikomi pavojingais, nes jie gali sukelti savižudybę arba autoavariją, nors dažniau pasireiškia nemiga, košmarai ir haliucinacijos.
Nors apie visus ciprofloksacino šalutinius poveikius reikia pranešti gydytojui, kai kuriems reikia skubios pagalbos. Pavyzdžiui, vartojant šį vaistą gali būti sunku kvėpuoti, nes gali išsipūsti gerklė. Dėl to dažnai atsiranda švokštimas, gerklės veržimo jausmas ir rijimo pasunkėjimas. Širdies plakimas taip pat gali tapti nereguliarus, plakti greičiau nei įprastai, iš dalies dėl to, kad organizmas panikuoja dėl to, kad negali lengvai kvėpuoti. Taip pat gali pasireikšti traukuliai ir alpimas, todėl labai svarbu kuo greičiau gauti medicininę pagalbą.