Dažniausias izoniazido šalutinis poveikis yra galvos svaigimas, nemiga ir skrandžio sutrikimas, nors gali pasireikšti ir sunkesnis šalutinis poveikis. Šis antibiotikas taip pat gali sukelti nervų uždegimą, traukulius ir šlapinimosi sutrikimus. Padidėjęs cukraus kiekis kraujyje, nenormalūs kraujo tyrimų rezultatai ir psichozė yra vienas iš galimų izoniazido šalutinių poveikių ir gali būti ryškesni, kai šis vaistas derinamas su tam tikrais kitais vaistais. Kai kuriems šį antibiotiką vartojantiems žmonėms buvo pranešta apie gyvybei pavojingą kepenų pažeidimą. Apie bet kokį naują ar varginantį izoniazido šalutinį poveikį reikia pranešti gydytojui, kad jis atliktų tolesnį medicininį įvertinimą.
Virškinimo sutrikimai yra vienas iš dažniausiai pasitaikančių izoniazido šalutinių poveikių, įskaitant pykinimą, vėmimą ar rėmenį. Taip pat buvo užfiksuoti pilvo spazmai, vidurių užkietėjimas ir viduriavimas. Nuolatinį vėmimą ar viduriavimą, ypač jei yra kraujo, turi įvertinti medicinos specialistas, kad būtų išvengta skrandžio ar žarnyno pažeidimo. Dėl stipraus pilvo skausmo, kurį lydi karščiavimas, reikia nedelsiant apsilankyti pas gydytoją arba artimiausios ligoninės skubios pagalbos skyrių.
Kraujo sutrikimai gali išsivystyti kaip šalutinis izoniazido poveikis ir dažnai išnyksta nutraukus vaisto vartojimą. Padidėjęs cukraus kiekis kraujyje ir sumažėjęs vitamino B6 kiekis yra dažniausios su krauju susijusios problemos, susijusios su šio vaisto vartojimu. Moterys gali pastebėti menstruacijų sutrikimus ir neturėtų vartoti šio vaisto, jei yra nėščia ar maitina krūtimi. Pacientai, sergantys cukriniu diabetu ar kitomis ligomis, turinčiomis įtakos kraujui, gali negalėti saugiai vartoti izoniazido.
Psichikos pakitimus ir nuotaikos svyravimus reikia nedelsiant pranešti gydytojui, nes dėl šių pašalinių izoniazido reiškinių beveik visada reikia gydyti kitu antibiotiku. Šio vaisto sukelta sumišimas, dirglumas ir psichozė gali sukelti destruktyvų elgesį ir dažnai prireikti skubios medicinos pagalbos. Jeigu izoniazidą vartojantis pacientas tampa kovingas arba atsiranda savęs žalojimo požymių, reikia kreiptis į greitąją medicinos pagalbą, kad būtų galima nuvežti į artimiausią ligoninę.
Vartojant šį vaistą, gali pasireikšti sunkus kepenų pažeidimas, o vartojant ilgą laiką, ši rizika didėja. Gelta pasižymi geltonu atspalviu, paveikiančiu odą arba baltą akių dalį ir dažnai rodo, kad kepenys negali tinkamai funkcionuoti. Ši žala gali būti mirtina ir kartais prireikia kepenų persodinimo, kad būtų išgelbėta paciento gyvybė. Tie, kurių inkstų funkcija jau yra sutrikusi, vartojant šį vaistą, gali patirti visišką inkstų nepakankamumą. Dializės arba transplantacijos gali prireikti, jei vaisto vartojimas nenutraukiamas prieš atsirandant nuolatiniam inkstų pažeidimui.