Dauguma klaritromicino šalutinių poveikių yra gana lengvi ir nekelia jokio reikšmingo pavojaus sveikatai, nors vartojant šį antibiotiką gali kilti rimtų ar galimai mirtinų komplikacijų. Kai kurie dažniausiai pasitaikantys klaritromicino šalutiniai poveikiai yra virškinimo trakto sutrikimai, galvos skausmai ir nenormalus skonis burnoje. Papildomi simptomai gali būti galvos svaigimas, spengimas ausyse ir dantų bei liežuvio spalvos pasikeitimas. Rimtas šalutinis poveikis, apie kurį reikia nedelsiant pranešti gydytojui, yra stiprus pilvo skausmas, krūtinės skausmas ir pasunkėjęs kvėpavimas. Galimi ir kiti klaritromicino šalutiniai poveikiai, todėl visus naujus ar varginančius simptomus, atsiradusius pradėjus gydymą šiuo vaistu, gydytojas turi įvertinti, kad įsitikintų, jog nėra rimtos grėsmės sveikatai.
Virškinimo sutrikimai, tokie kaip pykinimas, vėmimas ir viduriavimas, yra vienas iš dažniausiai pasitaikančių klaritromicino šalutinių poveikių. Šie simptomai paprastai būna lengvi ir gali susilpnėti vartojant antibiotiką su maistu ar pienu. Kai kuriais atvejais gali būti skiriami papildomi vaistai, padedantys išvengti pykinimo, ypač jei dėl to labai sumažėja apetitas. Stiprus pilvo skausmas arba kraujo atsiradimas išmatose ar vėmimas gali reikšti virškinamojo trakto pažeidimą ir turi būti traktuojami kaip neatidėliotina medicinos pagalba.
Galvos skausmas, galvos svaigimas ir nenormalus skonis burnoje yra dažnas klaritromicino šalutinis poveikis. Dauguma galvos skausmų yra palyginti nedideli ir gali būti sėkmingai gydomi nereceptiniais skausmą malšinančiais vaistais, nors staigų ar stiprų galvos skausmą turi įvertinti gydytojas. Vairuojant ar atliekant veiklą, kuriai reikalinga pusiausvyra ar koordinacija, reikia būti atsargiems, jei vartojant šį vaistą atsiranda galvos svaigimas. Nors nemalonus skonis burnoje atsiranda dažnai, jis paprastai nesukelia sveikatos problemų ir paprastai išnyksta nutraukus antibiotikų vartojimą.
Vartojant šį vaistą, gali atsirasti spengimas ausyse ir pakisti dantų ar liežuvio spalva. Įprastas dantų valymas paprastai gali atkurti normalią dantų spalvą. Alerginės reakcijos kartais išsivysto vartojant klaritromiciną ir gali pasireikšti, net jei vaistas buvo sėkmingai vartojamas praeityje. Krūtinės skausmas, pasunkėjęs kvėpavimas ir gerklės ar liežuvio patinimas yra dažni potencialiai mirtinos alerginės reakcijos, vadinamos anafilaksija, simptomai. Slaugytojas turi iškviesti greitąją pagalbą, kad pacientą nugabentų į artimiausią ligoninę, jei yra alerginės reakcijos simptomų, kad būtų galima kuo greičiau pradėti tinkamas gyvybę palaikyti.