Dažniausias mikrodermabrazijos šalutinis poveikis gali būti lengvas odos sudirginimas, spuogų padidėjimas ir kai kurie odos spalvos pokyčiai. Žmonės su jautria oda paprastai yra labiau linkę į šalutinį mikrodermabrazijos poveikį nei žmonės, kurių oda nėra jautri. Odos spalvos pakitimo šalutinis poveikis taip pat atrodo ryškesnis žmonėms, kurių oda natūraliai tamsesnė. Žmonėms, kuriems taikoma mikrodermabrazija, siekiant palengvinti spuogų simptomus ir spuogų randus, kelias savaites po procedūros gali atsirasti daugiau išbėrimų nei įprastai. Dauguma mikrodermabrazijos šalutinių poveikių yra laikini ir išnyksta, kai tik oda spėja sugyti.
Tikriausiai labai mažai žmonių nepatiria odos dirginimo po mikrodermabrazijos. Kai atliekama mikrodermabrazija, pašalinamas visas viršutinis odos sluoksnis. Tai paprastai sukelia odos dirginimą, kuris daugeliui žmonių atrodo panašus į nudegimą saulėje. Odos paraudimas, niežėjimas ir pleiskanojimas arba lupimasis yra šalutinis mikrodermabrazijos poveikis, apie kurį dažnai praneša ką tik procedūrą atlikę žmonės. Kai tik oda turi galimybę išgyti, šie šalutiniai poveikiai paprastai išnyksta.
Daugelis žmonių turi mikrodermabraziją, kad padėtų jiems susidoroti su spuogais. Dėl šios priežasties šiems žmonėms gali būti netikėta, kai spuogai linkę paūmėti iškart po mikrodermabrazijos procedūros. Nors mikrodermabrazija dažnai gali labai padėti tiek nuo spuogų, tiek nuo spuogų randų, spuogai linkę paūmėti iškart po procedūros dėl traumos odai ir dėl to, kad mikrodermabrazija padeda atkimšti poras. Kai poros užsikemša dėl mikrodermabrazijos, bakterijos paprastai išsiskiria iš porų ir šios bakterijos gali išlikti ant odos paviršiaus, laikinai padidindamos spuogų susidarymo tikimybę. Daugelis žmonių praneša, kad šis šalutinis mikrodermabrazijos poveikis išnyksta per kelias savaites po procedūros.
Odos spalvos pakitimas gali būti pats problemiškiausias iš visų šalutinių mikrodermabrazijos poveikių. Žmonės, kurių oda šviesesnė, dažniausiai nepatiria šios problemos, tačiau žmonės su tamsesne oda dažnai susiduria su šia problema. Po mikrodermabrazijos tamsios odos žmogus gali pastebėti, kad turi šviesių dėmių ten, kur anksčiau jų nebuvo. Šis spalvos pakitimas dažnai nėra nuolatinis, bet gali išlikti gana ilgą laiką, kol odos tonas vėl taps normalus. Daugelis žmonių gali susidoroti su šiuo šalutiniu poveikiu, naudodami pagrindą ant odos, kad suteiktumėte jai tolygesnę spalvą.