Dažniausias sulfametoksazolo šalutinis poveikis yra lengvi skrandžio sutrikimai, tokie kaip pykinimas ir viduriavimas. Tai taip pat gali sukelti padidėjusį jautrumą saulei, todėl šį vaistą vartojantys pacientai turi imtis atsargumo priemonių, kai saulės poveikio neišvengiama. Turėtų būti naudojama skrybėlė, ilgos rankovės, ilgos kelnės ir apsauga nuo saulės. Taip pat gali pasireikšti sunkios, retos reakcijos.
Sulfametoksazolas paprastai derinamas su trimetoprimu. Jie abu yra sulfanomidų šeimos antibiotikai, o tai reiškia, kad jų galimas šalutinis poveikis yra toks pat. Šis derinys dažniausiai naudojamas bakterinėms šlapimo takų infekcijoms, kurias sukelia E. coli, gydyti. Jis taip pat gali būti naudojamas ausų infekcijoms ir kitoms, kaip nustato sveikatos priežiūros paslaugų teikėjas. Ekspertai mano, kad abu vaistai gali sukelti apsigimimų.
Pykinimas, viduriavimas ir anoreksija yra dažniausias sulfametoksazolo šalutinis poveikis. Taip pat galimi galvos svaigimas, galvos skausmas ir bendras pilvo skausmas. Karščiavimas ar bėrimas taip pat gali pasireikšti kaip nedidelis šalutinis poveikis, tačiau jie taip pat gali reikšti sunkesnę būklę, pvz., Stivenso-Džonsono sindromą. Anafilaksija, rimta ir galbūt gyvybei pavojinga alerginė reakcija, galima vartojant bet kokius vaistus, o ypač antibiotikus. Liežuvio patinimas ir švokštimas rodo skubią medicinos pagalbą. Pacientai, kuriems kada nors buvo reakcija į sulfanomidą, neturėtų vartoti sulfametoksazolo.
Stivenso-Džonsono sindromas yra bene sunkiausias sulfametoksazolo šalutinis poveikis. Šio sutrikimo simptomai yra karščiavimas, niežulys, odos pažeidimai ir opos burnoje. Kadangi oda išsilieja nuo kūno, pacientai, sergantys Stivenso-Džonsono sindromu, turi būti gydomi ligoninėje, kartais – nudegimų skyriuje. Yra didelė infekcijos rizika, nes yra didelių atvirų žaizdų. Kai kuriais atvejais yra nuolatinis odos pažeidimas, aklumas ar organų pažeidimas.
Kiti rimti sulfametoksazolo šalutiniai poveikiai yra hepatitas, kruvinas viduriavimas, traukuliai ir skydliaukės padidėjimas. Pacientai, kuriems pasireiškia toks šalutinis poveikis, turėtų nedelsiant kreiptis į gydytoją. Dauguma šių šalutinių poveikių gali būti gydomi ir nesukelia ilgalaikės žalos.
Tam tikras sulfametoksazolo šalutinis poveikis yra susijęs su ilgalaikiu vaisto vartojimu. Dėl šio vaisto gali sumažėti trombocitų kiekis kraujyje, dėl to gali atsirasti daug mėlynių ar kraujavimas. Pastebėję šį šalutinį poveikį, pacientai, vartojantys šį vaistą, turi nedelsdami kreiptis į savo gydytoją. Šis vaistas taip pat gali sukelti hemolizinę anemiją, kurią sukelia priešlaikinis raudonųjų kraujo kūnelių sunaikinimas arba megaloblastinę anemiją, kurią sukelia padidėję raudonieji kraujo kūneliai. Kai kuriems pacientams gali tekti periodiškai atlikti kraujo tyrimus, kad būtų galima stebėti trombocitų kiekį.