Svarbiausias ilgalaikis metadono poveikis paprastai yra sumažėjęs potraukis narkotikams, tokiems kaip heroinas ir morfijus. Tačiau, deja, kai kurie ilgalaikiai metadono poveikiai yra daug mažiau malonūs. Pavyzdžiui, ilgą laiką vartojant šį vaistą, žmogus gali susidurti su kvėpavimo sutrikimais, pvz., nepakankamu kvėpavimu. Taip pat kai kurie žmonės patiria seksualinių pokyčių ir hormonų pusiausvyros sutrikimų, susijusių su metadono vartojimu. Priklausomybė taip pat yra vienas iš ilgalaikių metadono vartojimo padarinių, o nustojus vartoti žmonėms gali pasireikšti abstinencijos simptomai.
Vienas iš ilgalaikių metadono padarinių yra jo gebėjimas padėti žmonėms kovoti su vaistų papildymu. Šis vaistas dažnai vartojamas siekiant padėti žmonėms įveikti potraukį kitiems narkotikams, kurie priskiriami opiatams, kurie yra narkotinės medžiagos, gaunamos iš opijaus. Kad šis poveikis būtų sėkmingas, gydytojas dažniausiai skiria palaipsniui didinamą metadono dozę ir atidžiai stebi paciento reakciją į ją, o galiausiai dozė stabilizuojama. Šis laipsniško didesnių metadono dozių įvedimo metodas naudojamas siekiant išvengti šalutinio vaisto poveikio arba jį sumažinti. Pavyzdžiui, šis laipsniškas didinimas gali padėti sumažinti tikimybę, kad vaistas pacientui turės raminamąjį poveikį; sukelti pykinimą, vėmimą ar vidurių užkietėjimą; arba paveikti paciento smegenų funkciją.
Dauguma metadoną vartojančių žmonių nepatiria rimtų sveikatos problemų. Tačiau kai kuriais atvejais asmuo, kuris ilgą laiką vartoja šį vaistą, patirs problemų, susijusių su kvėpavimo sistema. Kai kuriems pacientams šis vaistas taip pat gali sukelti hormoninius pokyčius. Pavyzdžiui, kartais tai siejama su sumažėjusia hormono testosterono gamyba. Kai kurioms moterims, kurios jį vartoja, gali pakisti ir mėnesinių ciklai.
Kai kuriems žmonėms ilgalaikis metadono poveikis yra susijęs su seksualine funkcija. Kai kurie žmonės gali jausti pastebimai sumažėjusį sekso potraukį. Kiti gali susidurti su fizinėmis problemomis, dėl kurių jie negali mėgautis patenkinamais lytiniais santykiais. Pavyzdžiui, dėl gydymo metadonu vyras gali tapti impotentu. Tačiau tokios problemos turi įtakos ne kiekvienam asmeniui, vartojančiam šį vaistą, ir toks šalutinis poveikis gali priklausyti nuo dozės, kurią žmogus vartoja.
Priklausomybė taip pat yra vienas iš ilgalaikių metadono vartojimo padarinių. Nors metadonas naudojamas siekiant sumažinti narkomano potraukį kitiems narkotikams, jis taip pat sukelia priklausomybę. Jei žmogus po ilgo vartojimo bando nustoti vartoti metadoną, jam gali kilti abstinencijos simptomų. Tarp šių simptomų yra pykinimas ir vėmimas, šaltkrėtis, narkotikų troškimas ir raumenų mėšlungis.
Asmuo taip pat gali patirti gausų prakaitavimą ir šaltkrėtį kaip metadono nutraukimo požymį. Nors šie simptomai yra nemalonūs, jie paprastai būna ne tokie sunkūs nei tie, kuriuos gali patirti nutraukus narkotikų, tokių kaip heroinas, vartojimą. Be to, laipsniškas paciento atpratinimas nuo metadono gali padėti sumažinti šalutinį nutraukimo poveikį.