Teigiama, kad izoflavonai turi įvairių privalumų, tačiau jie taip pat turi tam tikrą šalutinį poveikį, kuris gali būti varginantis ir netgi pavojingas tiems, kurie vartoja šią medžiagą. Kai kurie izoflavonų šalutiniai poveikiai dažniausiai paveikia moteris, nes nėščiosioms ir toms, kurios kovojo su krūties vėžiu, dažniausiai gresia neigiamas poveikis. Tačiau bet kuri moteris, vartojant izoflavonus, gali patirti karščio bangų ir priaugti svorio. Kita vertus, vyrai, vartodami izoflavono papildus, gali pastebėti sumažėjusį libido, nevaisingumą ir atminties praradimą. Kiti šalutiniai izoflavonų poveikiai gali turėti įtakos tiek moterims, tiek vyrams, kai kurios dažniausiai pasitaikančios problemos yra viduriavimas, alergija maistui ir galvos skausmai.
Kai kurie šalutiniai poveikiai būdingi moterims, nes izoflavonai gali paveikti hormonų pusiausvyrą moters organizme ir sukelti tam tikrų neigiamų pasekmių. Pavyzdžiui, tos, kurios anksčiau sirgo krūties vėžiu, paprastai neskatina vartoti izoflavonų, nes jie gali stimuliuoti krūties vėžio ląsteles, kurios jau gali būti. Teigiama, kad izoflavonai taip pat trukdo vartoti vaistus nuo krūties vėžio, tačiau moterys, kurios nesirgo šio tipo vėžiu, paprastai laikomos saugiomis nuo šio galimo šalutinio poveikio. Papildomas rūpestis yra tas, kad izoflavonai gali būti žalingi negimusiams kūdikiams, kuriems reikalinga specifinė hormonų pusiausvyra, kad jie tinkamai vystytųsi įsčiose, todėl nėščioms moterims paprastai patariama praleisti tokio tipo papildus. Bet kuri moteris yra jautri svorio padidėjimui ir karščio bangoms, kurias gali sukelti izoflavonai, todėl moterims patariama užtikrinti, kad galima nauda būtų didesnė už galimą šalutinį poveikį.
Vyrai taip pat gali patirti tam tikrą šalutinį izoflavonų poveikį, kurio moterys gali nepasireikšti, nes jų hormonų pusiausvyra paprastai skiriasi. Vienas iš didžiausių šalutinių poveikių vyrams yra sumažėjęs lytinis potraukis, nes padidėjęs estrogenų kiekis gali sumažinti testosterono kiekį, o tai taip pat gali sukelti nevaisingumą. Papildomas šalutinis poveikis vyrams gali būti nuovargis, atminties praradimas ir susilpnėjusi pažinimo funkcija. Daugelis tyrimų rodo, kad moterys nepatiria šio šalutinio izoflavonų poveikio, todėl vyrai, remdamiesi palankiomis moterų apžvalgomis, turėtų tai atsiminti prieš pradėdami vartoti šią medžiagą.
Kai kurie izoflavonų šalutiniai poveikiai turi įtakos ir vyrams, ir moterims. Kai kuriems žmonėms, vartodami sojų izoflavonus, užkietėja viduriai, o kitiems gali pasireikšti viduriavimas ir skrandžio sutrikimas. Galvos skausmas ir svaigimo pojūtis taip pat yra neigiamas izoflavonų poveikis. Taip pat gali būti, kad ši medžiaga sukelia inkstų akmenligę, alergiją maistui ir skydliaukės problemas, todėl žmonėms, nusprendusiems vartoti izoflavonus, patariama stebėti, ar neatsiras šių šalutinių poveikių.