Pagrindinis ryšys tarp jogos ir čakrų yra tas, kad tam tikros jogos rūšys gali būti naudojamos manipuliuoti ir tinkamai subalansuoti žmogaus čakrą. Čakros yra žmogaus kūno taškai, kuriuose, kaip sūkuryje, natūraliai susikaupia jo energija. Joga gali būti naudojama kaip priemonė manipuliuoti čakromis, dažnai jas atidarant arba subalansuojant, o tai leidžia žmogui geriau panaudoti ir panaudoti savo natūralią energiją. Bendra jogos ir čakrų asociacija yra kundalini jogos praktika, kuri naudojama pažadinti energiją, esančią žmogaus stuburo apačioje, ir pažadinti kiekvieną čakrą.
Viena iš pagrindinių jogos ir čakrų sąsajų yra supratimas, kaip joga gali būti naudojama norint subalansuoti ir suaktyvinti skirtingas čakras. Joga yra mankštos forma, kurios pagrindai yra induizmas ir budizmas, kuri įgauna daugybę skirtingų pozų, kurias žmogus prisiima per jogos režimą. Šios pozicijos leidžia žmogui pasitempti ir tapti lankstesniam. Kai kurios jogos pozicijos taip pat gali būti naudojamos medituojant ir praktikuojant, kad padėtų žmogui susijungti su savo čakromis praktikuojant šias pozicijas.
Čakros yra septyni energijos taškai, esantys visame žmogaus kūne. Sutelkdamas dėmesį į šiuos energijos taškus, žmogus gali juos subalansuoti ir suderinti, kad pasiektų geresnę fizinę harmoniją su savo kūnu. Joga ir čakras gali būti naudojamos kartu, atliekant praktiką, dažnai vadinamą kundalini joga.
Šio tipo jogoje naudojamos tam tikros pozicijos, padedančios žmogui susijungti su savo čakromis, atverdamos arba pažadindamos kiekvieną eilės tvarka nuo stuburo pagrindo iki galvos viršaus. Kai žmogus praktikuoja šio tipo jogą, jo stuburo apačioje kaupiasi energija, vadinama Kundalini energija. Tai juda aukštyn per kūną, kai atidaroma kiekviena čakra, ir galiausiai išleidžiama per žmogaus galvos viršų. Patyrę praktikai dažnai perspėja, kad ši jogos rūšis gali būti pavojinga naujokams, o generuojama ir išleidžiama galia gali sukelti fizinę žalą tiems, kurie nėra pasiruošę jos valdyti.
Joga ir čakros gali būti naudojamos kartu, siekiant ne tik padėti žmogui jaustis labiau atsipalaidavusiam, bet ir stipresniam bei galinčiam valdyti savo gyvenimą. Naudodami jogą, kad geriau kontroliuotų ir išlaisvintų energiją savo kūne, kai kurie žmonės teigia, kad joga ir čakras gali būti naudojamos tiek fizinėms, tiek psichologinėms ligoms gydyti. Kadangi kiekviena čakra yra susijusi su tam tikra kūno dalimi ir įvairiomis fiziologinėmis funkcijomis, tam tikros čakros subalansavimas gali būti naudojamas kovojant su liga, paveikiančia tą kūno dalį.