Tinkamas leukopenijos gydymas priklauso nuo to, kas sukelia paciento baltųjų kraujo kūnelių skaičiaus sumažėjimą, ir gali apimti priemones, skirtas užkirsti kelią infekcijai ir kitoms komplikacijoms, kol ji išnyks. Daugybė sąlygų ir gydymo būdų gali pažeisti baltuosius kraujo kūnelius arba kaulų čiulpus, todėl organizmui sunku gaminti daugiau. Kai pacientui pasireiškia leukopenija, o priežastis nėra akivaizdi, gali būti rekomenduojama atlikti kai kuriuos tyrimus, kad būtų galima sužinoti daugiau ir parengti priežiūros planą. Leukopenijos gydymas gali apimti pagrindinės problemos sprendimą, išlaikant paciento stabilumą.
Tam tikri genetiniai sutrikimai, taip pat būklės, tokios kaip kaulų čiulpų neoplazmos ir sisteminė raudonoji vilkligė (SRV), gali sukelti baltųjų kraujo kūnelių sumažėjimą ir gali prireikti gydyti leukopeniją. Pacientai taip pat gali patirti šią būklę kaip vaistų, tokių kaip chemoterapiniai vaistai, komplikaciją. Kai kuriais atvejais leukopenija atsiranda dėl kaulų čiulpų slopinimo, kad pacientas būtų paruoštas transplantacijai. Infekcijos gali sukelti trumpalaikį baltųjų kraujo kūnelių sumažėjimą, nes organizmas juos išnaudojo kovojant su infekciniais organizmais; šiems pacientams gali prireikti jokio specialaus leukopenijos gydymo, išskyrus palaikomąjį gydymą, kol infekcija tęsiasi.
Dėl ligos, dėl kurios miršta baltieji kraujo kūneliai arba ribojama kaulų čiulpų funkcija, leukopenijos gydymas apima šios ligos gydymą. Tai gali apimti chemoterapiją ir spinduliuotę nuo vėžio, vaistus nuo tokių ligų kaip vilkligė ir kai kuriais atvejais tokias galimybes kaip kaulų čiulpų transplantacija. Tai leidžia donoro čiulpams pradėti gaminti naujus kraujo kūnelius, kad pacientas galėtų vėl padidinti baltųjų kraujo kūnelių skaičių. Gali prireikti visą gyvenimą trunkančios kontrolės; Pavyzdžiui, pacientai, sergantys įgytu imunodeficito sindromu (AIDS), visą gyvenimą vartoja vaistus, kad išvengtų komplikacijų.
Jei vaistas sukelia leukopeniją, situaciją galima įvertinti. Gali būti įmanoma pereiti prie kito vaisto, kuris rečiau sukelia šį šalutinį poveikį, kad paciento baltųjų kraujo kūnelių skaičius atsistatytų. Kitais atvejais gydymas turi būti tęsiamas, tačiau pacientas bus atidžiai stebimas. Gali būti rekomenduojamos infekcijos prevencijos priemonės, pvz., antibiotikai, izoliacija ir kaukės dėvėjimas, siekiant apriboti ore plintančių patogenų poveikį. Pasibaigus gydymui, paciento kaulų čiulpų funkcija turi grįžti į normalią.
Kaulų čiulpų slopinimas apima sąmoningą leukopenijos sukėlimą kaip vėžio kaulų čiulpų ląstelių naikinimo proceso dalį. Gydymo pabaigoje pacientui gali tekti patekti į izoliacinį kambarį, nes organizmas taps labai pažeidžiamas infekcijų. Pasibaigus slopinamajam gydymui, pacientui gali būti persodinami švieži čiulpai, kurie pradės gaminti naujas kraujo ląsteles. Tai ne tik gali išgydyti vėžį, bet ir pašalinti leukopeniją.