Žindymo metu yra įvairių šalutinių poveikių – tiek gerų, tiek blogų. Nors neigiamą šalutinį poveikį dažnai galima išgydyti, kai kurioms moterims dėl jų gali būti sunku ilgai žindyti. Vienas dažniausių nusiskundimų – padidėjęs alkis, nes žindymo metu organizmui reikia daugiau kalorijų. Sausi, įtrūkę speneliai taip pat gali būti problema. Žinoma, žindymas turi teigiamą poveikį, daugiausia susijęs su sumažėjusiu estrogeno kiekiu organizme, dėl kurio gali vėluoti menstruacijos ir sumažėti rizika susirgti tam tikromis vėžio formomis.
Vienas iš dažniausiai minimų šalutinių žindymo reiškinių yra iš pažiūros nuolatinis alkis. Taip yra todėl, kad vien žindydamas kūdikį organizmas per dieną sudegina 500–800 kalorijų, todėl krūtimi maitinančios motinos kiekvieną dieną turi suvalgyti bent 500 kalorijų daugiau nei suvalgė nėštumo metu. Tie, kurie to nepaiso, gali būti ypač alkani, o jų pieno kiekis taip pat gali mažėti. Žinoma, atsikratyti šio šalutinio poveikio paprastai yra lengva, nes tereikia į dietą įtraukti bent vieną nedidelį patiekalą. Vietoj papildomo patiekalo pridėjus keletą sveikų užkandžių, tai taip pat gali padėti.
Daugeliui maitinančių motinų speneliai išsausėja, skilinėja, ypač pirmosiomis savaitėmis. Dėl to slauga gali tapti skausminga, kai kurios motinos netgi gali visiškai nustoti. Moterims, turinčioms šią problemą, dažniausiai patariama naudoti žindymo kremą, kurį galima tepti bet kuriuo metu, net prieš pat žindymą, nes manoma, kad jis yra saugus ir kūdikiui. Jei vienas spenelis yra blogesnis už kitą, gali būti naudinga, jei įmanoma, žindyti daugiau kitoje pusėje, kad spenelis turėtų galimybę išgyti. Nors tai yra vienas iš skausmingiausių šalutinių žindymo reiškinių, jis taip pat laikomas vienu iš labiausiai išgydomų.
Kai kurie šalutiniai žindymo poveikiai iš tikrųjų yra teigiami, skatinantys moteris kuo ilgiau žindyti. Pavyzdžiui, šiuo laikotarpiu estrogeno kiekis paprastai labai sumažėja, todėl menstruacijos paprastai vėluoja. Žinoma, tai nutinka ne kiekvienai moteriai, taip pat ne visada reiškia, kad ovuliacija sustojo, todėl gimstamumo kontrolė dažnai patariama net ir nesant mėnesinių. Susijusi nauda yra krūties ir kiaušidžių vėžio rizikos sumažėjimas, kurį sukelia sumažėjęs estrogenų kiekis. Todėl kuo ilgiau moteris žindo, tuo mažesnė rizika susirgti šiomis vėžio rūšimis.