Šalutinis mažai angliavandenių turinčios dietos poveikis visų pirma yra susijęs su medžiagų apykaita ir tiesioginiu fiziniu atsaku į vartojamo maisto rūšis. Pernelyg didelis dujų susidarymas ir vidurių užkietėjimas yra dvi dažniausiai pasitaikančios problemos, susijusios su tokia dieta. Dažnai mažai angliavandenių turinčios dietos maisto energija pasisemta iš baltymų, kurių organizme taip pat gali būti pertekliaus, padidėjimas. Tokia dieta dažnai vadinama ketogenine, nes nepakankamas angliavandenių kiekis gali sukelti ketozę – būklę, kai žmogus praranda nesveiką vandens ir natrio kiekį.
Kitas dažnas mažai angliavandenių turinčios dietos šalutinis poveikis yra nebūdingas raumenų silpnumas arba mėšlungis ir galvos skausmai. Kai kurie pacientai taip pat praneša apie blogą burnos kvapą ir nepaaiškinamus bėrimus. Šie simptomai gali būti siejami su angliavandenių ir cukraus trūkumu, kurių organizmui reikia norint sukurti energiją ir tinkamai apdoroti maistą.
Ketogeninė dieta yra režimas, kai angliavandenių suvartojimo nepakanka gerai sveikatai palaikyti. Tai sukelia ketozę – būklę, kai ketoninių kūnų perteklius trukdo organizmui apdoroti gliukozę – pagrindinį energijos šaltinį. Ketonų kūnai susidaro skaidant riebalų rūgštis energijai gauti. Kai ketonų yra per daug, sutrinka riebalų apykaita ir organizmas pradeda išskirti druskos ir vandens perteklių. Tai dažnai gali sukelti šių elementų trūkumą.
Raumenys ir kepenys kaupia energiją, kurią suteikia angliavandeniai. Kadangi šių atsargų gali pakakti gana ilgai, šalutinis mažai angliavandenių turinčios dietos poveikis gali šiek tiek užtrukti. Vis dėlto ankstyvosiose mažai angliavandenių dietos stadijose organizmas gali pradėti veikti netinkamai, priklausomai nuo asmens sveikatos ir dietos galingumo.
Yra keletas svorio metimo dietų, kurių pagrindinis tikslas yra mažai angliavandenių turintis režimas. Daugelyje šių dietų daugiausia dėmesio skiriama daug baltymų turintiems patiekalams su daugybe daržovių. Viena garsiausių iš jų yra Atkinso dieta, kuri 1990-aisiais buvo savo populiarumo viršūnėje. Nuo to laiko daugelis gydytojų ją diskreditavo dėl to, kad nors dieta padeda numesti svorio, jos skatinamas daug baltymų ir riebus maistas gali pakenkti bendrai besilaikančiojo sveikatai.
Nepaisant daugybės galimų neigiamų mažai angliavandenių turinčios dietos šalutinių poveikių, yra keletas sąlygų, kurioms toks režimas skiriamas. Jis dažniausiai naudojamas diabetui, epilepsijai ir nutukimui gydyti. Kai kurie gydytojai taip pat gali pasiūlyti jį pacientams, sergantiems policistinių kiaušidžių sindromu arba lėtinio nuovargio sindromu.