Metafizika yra plati filosofijos studijų sritis, kuria siekiama suprasti ir klasifikuoti giliausią egzistencijos prigimtį. Daugelis pagrindinių religijų taip pat bando paaiškinti, kaip ir kodėl kas nors, o ypač žmonės, egzistuoja pasaulyje. Taigi metafizika ir religija yra susijusios, nes religija dažnai bando pateikti metafizinį egzistencijos supratimą. Kiti metafizikai ir religijai svarbūs klausimai yra žmogaus proto prigimtis, laisva valia ir Dievo egzistavimas bei vaidmuo.
Vienintelis veiksnys, labiausiai vienijantis metafiziką ir religiją, yra būties prigimtis fundamentaliame lygmenyje. Pavyzdžiui, materialistas laikosi metafizinio požiūrio, kad viską galima suprasti materialiai, nesikreipiant į jokias antgamtines jėgas. Kita vertus, tikintieji yra linkę manyti, kad pasaulis egzistuoja dėl Dievo ar dievų. Panteistinis požiūris į metafiziką ir religiją teigia, kad nėra tikro skirtumo tarp „Dievo“ ir „pasaulio“ idėjų.
Kitas svarbus klausimas, kurį sprendžia abi sąvokos, yra laisva valia. Moksliniu tikrumu nėra žinoma, ar žmonės iš tikrųjų visiškai kontroliuoja savo veiksmus ir sprendimus. Metafizikai siekia ištirti ir suprasti, ką reiškia „laisva valia“, o ne determinizmas, ir ar galima juos suderinti. Jie taip pat siekia pateikti racionalių argumentų, kartais pasitelkiant šiuolaikinį mokslą, už arba prieš laisvą valią. Kita vertus, įvairios religijos remiasi laisva valia arba determinizmu kaip pagrindiniu savo etinių sistemų tašku.
Teologija yra filosofijos poskyris, kuris domisi Dievu ir dieviškumu. Todėl ji kviečia prisidėti ir iš metafizikos, ir iš religijos. Svarbūs teologijos klausimai yra Dievo egzistavimas, galimybė pažinti Dievą ir Dievo vaidmuo kuriant ir vadovaujant visatai. Pavyzdžiui, kai kurie metafizikai teigia, kad Dievo nėra arba kad „dievo“ idėja reiškia tik beasmenį kūrėją. Kita vertus, religiniai teologai dažnai ginčijasi už asmeninį Dievą arba už konkrečių jų religijų pateikiamus teologinius požiūrius.
Tai, kaip šios sąvokos tiriamos, priklauso nuo daugelio skirtingų veiksnių, kurių daugelis paimti iš filosofijos, istorijos ir religijos. Pavyzdžiui, kai kurios religijos neskatina abejoti religinėmis doktrinomis ir skatina dogmatinę, o ne kritinę metafiziką. Kita vertus, akademiniai filosofai linkę manyti, kad bet kokius metafizikos ir religijos klausimus galima ir reikia tyrinėti.