Probiotikai ir fermentai virškinimo trakte veikia kartu. Abu skaido maistą, todėl padeda geriau virškinti. Tačiau fermentai žengia dar vieną žingsnį. Jie maitina probiotikus ir leidžia jiems išlikti gyviems bei daugintis. Taip yra todėl, kad probiotikai valgo šalutinius produktus, susidarančius fermentams chemiškai virškinant maistą, suskaidydami juos į paprastas maistines medžiagas, kurias probiotikai gali lengvai pasisavinti.
Maisto produktai, kuriuos gamina fermentai, siekiant palaikyti probiotikus, yra riebalų rūgštys, paprastieji angliavandeniai ir aminorūgštys. Maisto mainai tarp probiotikų ir fermentų taip pat apima įvairius mineralus ir vitaminus, kuriuos gamina fermentai. Šiuos maistinius šalutinius produktus gamina devyni skirtingi fermentų tipai. Jie veikia specializuotose virškinamojo trakto srityse, tokiose kaip storoji žarna, plonoji žarna ir kasa.
Proteazė, amilazė ir lipazė laikomi trimis pagrindiniais virškinimo fermentais. Lipazė virškina riebalus, žinomus kaip lipidai, ir gamina riebalų rūgštis kaip šalutinį šio virškinimo produktą. Amilazės tikslas yra nukreipti krakmolą ir angliavandenius, suskaidant juos į paprastus cukrus, kurie yra pakankamai baziniai, kad probiotikai būtų lengvai suvartojami. Proteazė, ypač proteazė, žinoma kaip pepsinas, virškina baltymus, kad gamintų aminorūgštis.
Antriniai virškinimo fermentai yra sacharozė, maltazė ir laktazė. Laktazė virškina pieno cukrų, kuris taip pat žinomas kaip laktozė. Maltazė chemiškai redukuoja salyklo cukrų, žinomą kaip maltozė, į gliukozę. Sacharozė virškina sacharozę, sudarydama fruktozę arba gliukozę. Likę fermentai karbohidrazė, pektinazė ir hemiceliulazė laikomi ne itin svarbiais probiotikams, nors jie ir padeda žmogaus organizmui virškinti.
Aminorūgštys ir krakmolai, susidarantys cheminio virškinimo metu, yra naudingi ne tik probiotikams ir fermentams. Žmonės taip pat gali įsisavinti šią mitybą per organų gleivinę. Proteazės fermentai pirmiausia tarnauja probiotinėms laktobaciloms plonosiose žarnose, kur aminorūgštys gali patekti per membraną į kraują. Tuo tarpu amilazė yra suporuota su probiotikais kasoje ir seilių liaukose, kur amilazės išskiriamas paprastas cukrus gali būti absorbuojamas per burną arba kasos membraną.
Nors ir probiotikai, ir fermentai virškindami maistą paverčia energiją, tai nėra pagrindinė probiotikų nauda. Probiotikai apsaugo imuninę sistemą ir padidina jos efektyvumą pašalindami toksinus ir kenksmingas bakterijas. Kaip detoksikatorius, probiotikai buvo giriami už tai, kad išvengia negalavimų, pradedant alergija ir baigiant storosios žarnos vėžiu. Šie naudingi mikroorganizmai gali padėti organizmui nugalėti kenksmingas bakterijas, tokias kaip salmonelė ir E.coli. Kuo daugiau maisto jie gauna iš fermentų, tuo daugiau probiotikų gali daugintis ir apsaugoti sveikatą.
Žmonėms senstant ar sergant ligomis, probiotikų kiekis organizme gali staigiai mažėti. Papildai su probiotikais ir fermentais gali sustiprinti naudingą organizmo mikroflorą. Tie, kurie vartoja papildus ar gyvą maistą, kad padidintų probiotikų ir fermentų kiekį organizme, paprastai turi išlikti nuoseklūs, nes tiek probiotikų, tiek fermentų organizmas reguliariai išeikvoja ir turi būti papildytas.
Kai kurie papildomų probiotikų ir fermentų kritikai teigia, kad fermentai, ypač proteazė, sunaikins kai kuriuos baltymų pagrindu pagamintus probiotikus. Tačiau daugelis tyrimų paneigia šį teiginį. Kad būtų išvengta žalingos sąveikos, daugelis mitybos specialistų siūlo gerti fermentus prieš valgį ir probiotikus po valgio.