Šalutinis protonų siurblio inhibitorių poveikis paprastai yra lengvas ir gali skirtis, priklausomai nuo konkretaus paciento vartojamo prekės ženklo. Tokio tipo vaistai dažnai vartojami gastroezofaginio refliukso ligos (GERL) simptomams gydyti, skrandžio rūgšties pertekliui gydyti, be to, jie gali padėti išvengti skrandžio opų arba ją gydyti. Jie veikia mažindami rūgšties kiekį skrandyje. Kai kurie protonų siurblio inhibitorių pavyzdžiai yra omeprazolas, ezomeprazolas ir raberprazolas.
Kai kurie nedideli protonų siurblio inhibitorių šalutiniai poveikiai gali būti pykinimas, skrandžio sutrikimas ir vidurių pūtimas. Gali pasireikšti vėmimas ir viduriavimas arba pacientas gali užkietėti viduriai. Kai kurie protonų siurblio inhibitoriai taip pat gali sukelti karščiavimą ar peršalimo simptomus, tokius kaip gerklės skausmas, čiaudulys ir sloga. Kiti pacientai pranešė apie galvos skausmą, mieguistumą ir burnos džiūvimą. Jei kuris nors iš šių šalutinių poveikių nepraeina arba tampa sunkesnis, pacientai turi tai aptarti su vaistą skiriančiu gydytoju.
Kai kuriems pacientams gali pasireikšti alerginė reakcija į protonų siurblio inhibitorių. Tam reikia skubios medicininės pagalbos, o tai gali rodyti gerklės, lūpų ar veido patinimas. Papildomi alerginės reakcijos požymiai gali būti dilgėlinė, odos bėrimas ir pasunkėjęs kvėpavimas.
Kitas retas, bet sunkus protonų siurblio inhibitorių šalutinis poveikis gali būti traukuliai, trūkčiojantys raumenų judesiai ir labai silpnas ar suglebęs pojūtis. Taip pat gali pasireikšti raumenų mėšlungis, greitas ar netolygus širdies plakimas ir nervingumas. Kai kurie žmonės taip pat pranešė apie sumišimą, galvos svaigimą ir kosulį kartu su dusimo pojūčiu.
Pacientai turi atidžiai laikytis visų dozavimo nurodymų, nes galima perdozuoti šių vaistų. Kai kurie galimi protonų siurblio inhibitorių perdozavimo šalutiniai poveikiai gali būti neryškus matymas, greitas širdies plakimas ir mieguistumas. Gali pasireikšti pykinimas, vėmimas ir burnos džiūvimas, kartu su galvos skausmu ir gausiu prakaitavimu.
Tie, kurie vartoja protonų siurblio inhibitorius, turėtų žinoti, kad vartojant ilgą laiką arba didelėmis dozėmis, šis vaistas gali padidinti lūžių, susijusių su osteoporoze, tikimybę. Šios komplikacijos rizika paprastai padidėja 50 metų ir vyresniems suaugusiems. Šie lūžiai ypač gali atsirasti stuburo, klubo ir riešo srityse.
Kad sumažintų protonų siurblio inhibitorių šalutinio poveikio riziką, pacientai turi atskleisti kitas savo ligas, vaistus ir papildus. Nėščios arba krūtimi maitinančios moterys turėtų tai aptarti su savo gydytojais. Gali būti pavojinga vartoti šiuos vaistus, jei pacientui skauda skrandį, dažnai skauda krūtinę ar pykina kartu su vėmimu. Gali pasireikšti sąveika su kitais vaistais ir papildais, ypač su kraujo skiedikliais, diuretikais ir geležimi.