Gerklės skausmas yra dažnas alergijos simptomas. Daugelis žmonių patiria skausmą, niežėjimą, patinimą, kai pasireiškia alerginė reakcija, nors ryšys tarp alergijos ir gerklės skausmo skiriasi. Reakcijos šaltinis gali būti aplinkos dirgikliai, pvz., žiedadulkės arba pelėsiai; tokiais atvejais gerklės skausmas dažnai yra su priepuoliu susijusios nosies užgulimo šalutinis produktas. Alergija maistui taip pat gali išprovokuoti organizmo reakciją, kuri sukelia gerklės skausmą; tokio tipo reakcija paprastai yra tiesioginė pačios alerginės reakcijos pasekmė.
Alergijos ir gerklės skausmas dažnai yra susiję dėl perkrovos, kurią lydi reakcija į aplinkos alergenus. Daug kartų tai yra sezoninės alergijos, pvz., šienligė, nors kiti dirgikliai, tokie kaip gyvūnų pleiskanos, cigarečių dūmai ar tarša, gali turėti tokį patį poveikį. Žmonėms, sergantiems tokiomis alergijomis, paprastai užgula nosis, o tai savo ruožtu sukelia sinusų nutekėjimą į užpakalinę gerklės dalį. Nuolatinis šio lašelio po nosies buvimas dirgina ir uždega gerklės gleivinę. Kol nosies užgulimas išlieka, pacientas paprastai ir toliau skaudės gerklę; Jei negydoma, lėtinė sloga gali peraugti į infekciją, o tai gali dar labiau pabloginti situaciją.
Kartu su lašinimu po nosies, dėl alergijos gali atsirasti ir kitų sinusų užgulimo padarinių, o tai gali sukelti gerklės skausmą. Jei asmuo negali kvėpuoti per nosį, jis gali būti priverstas kvėpuoti per burną, ypač miegodamas. Tokiu būdu įkvėpus oro, gali išsausėti gerklė ir ją skaudėti. Gleivių perteklius taip pat gali sukelti kosulį, kuris gali dar labiau pabloginti gerklę.
Alergija maistui ir gerklės skausmas taip pat dažnai būna kartu, nors skirtingai nei aplinkos veiksnių atveju, skausmą dažniausiai sukelia pati alerginė reakcija. Kai žmogus valgo maistą, kuriam jis yra alergiškas, organizme atsiranda antikūnų, kurie prisitvirtina prie ląstelių, vadinamų putliosiomis ląstelėmis. Kitą kartą valgant maistą, jis sąveikauja su putliųjų ląstelių antikūnais, o tai savo ruožtu skatina putliąsias ląsteles išskirti tokias medžiagas kaip histaminas, kad atakuotų numanomą grėsmę. Kadangi putliosios ląstelės yra dažnos gerklės audinyje, o jos ten patenka į maistą, kai jis nuryjamas, dėl šios reakcijos dažnai skauda gerklę.