Ryšys tarp GERL ir hiatal išvaržos yra tas, kad GERL gali atsirasti dėl hiatal išvaržos. GERL ir hiatal išvarža yra dvi skirtingos sveikatos būklės. GERL arba gastroezofaginio refliukso liga yra būklė, kai žmogaus skrandžio turinys juda aukštyn iš skrandžio ir atgal į stemplę. Hiatal išvarža yra būklė, kai viršutinė skrandžio dalis juda aukštyn per diafragmos angą. Norint atpažinti ryšį tarp GERL ir hiatalinės išvaržos, tikriausiai geriausia pirmiausia suprasti atitinkamos srities anatomiją.
Kai žmogus nuryja, maistas patenka į stemplę ir patenka į skrandį. Nors stemplė yra sujungta su skrandžiu, abu organai yra skirtingose kūno dalyse; stemplė yra krūtinėje, o skrandis yra pilve. Diafragma yra raumuo, kuris iš esmės atskiria krūtinę nuo pilvo. Jame yra maža skylė, per kurią stemplė jungiasi su skrandžiu. Sergant hiatal išvarža, viršutinė skrandžio dalis patenka į krūtinės sritį.
Stemplės ir skrandžio susiliejimo vieta yra apatinis stemplės sfinkteris (LES), kuris atsidaro, kad maistas galėtų patekti į skrandį, ir užsidaro, kad maistas negalėtų grįžti atgal į stemplę. LES yra po diafragma ir didžiąją laiko dalį yra uždarytas. Po LES yra audinys, kuris veikia kaip vožtuvas. Kai skrandyje yra spaudimas, šis vožtuvas uždaro stemplę, o tai yra dar vienas būdas užkirsti kelią maistui patekti į stemplę. Stemplė jungiasi su skrandžiu aštriu kampu; Šis kampas užtikrina tinkamą vožtuvo slėgio lygį.
Kas atsitinka su GERL ir hiatal išvarža yra tai, kad pastaroji sukelia netinkamą LES ir vožtuvo veikimą, todėl maistas gali judėti aukštyn į stemplę. Taip yra todėl, kad sergant hiatal išvarža, kai viršutinė skrandžio dalis pasislenka virš diafragmos ir į krūtinės sritį, sumažėja slėgis. Kad tinkamai veiktų, LES paprastai priklauso nuo šio slėgio, atsirandančio iš diafragmos. Kitaip tariant, kadangi LES nebėra tinkamoje padėtyje, jis nustoja gauti pakankamai spaudimo veikti taip, kaip turėtų. Be to, vožtuvas taip pat praranda slėgį, kurio reikia, kad jis taip pat tinkamai veiktų, nes prarandamas aštrus kampas, nuo kurio jis priklauso.