Neįtikėtinai daug buvo parašyta apie ryšį tarp skiepų ir autizmo. Kai kurios tėvų grupės tvirtai mano, kad kai kurios imunizacijos gali būti atsakingos už autizmo atvejus. Šis stiprus jausmas ir tėvų aktyvumas ne kartą paskatino poreikį ištirti šį ryšį, o atlikti klinikiniai tyrimai rodo, kad nėra jokio ryšio tarp imunizacijos ir autizmo. Medikų bendruomenė tiesiogiai prieštarauja nusistovėjusiam ryšiui, ir net teismai įsitraukė, 2010-aisiais priimdami sprendimus, kad ryšio nėra.
Vienas stipriausių tyrimų, rodančių ryšį tarp skiepų ir autizmo, buvo paskelbtas gerbiamame medicinos žurnale „The Lancet“ 1998 m. Vėliau buvo nustatyta, kad šiame straipsnyje pateikti duomenys buvo išgalvoti ir netikslūs, o 2010 m. „The Lancet“ jį atsiėmė. Jo buvimas sukėlė didelį susirūpinimą, ypač tarp tėvų, o didėjant autizmo skaičiui, daugelis pasisakė už skiepų atsisakymą. Gydytojai, manantys, kad rizika susirgti sunkiomis ligomis vis dar yra daug didesnė nei rizika susirgti autizmu, tokiam pasirinkimui nepritarė.
Kurį laiką tėvų gynimo grupės daugiausia dėmesio skyrė cheminės medžiagos buvimui kai kuriose vakcinose, vadinamose timerosaliu. Manoma, kad tai padidina autizmo riziką, kaip teigiama „The Lancet“ straipsnyje ir kituose šaltiniuose. Šis dalykas taip pat buvo ištirtas, o timerosalis buvo pašalintas iš daugumos skiepų. Šiuo metu pagal medicininius ir teisminius standartus ši cheminė medžiaga nėra atsakinga už autizmo atvejus, o ypač manoma, kad tymų, kiaulytės ir raudonukės vakcina (MMR), kurią tėvų teisių gynimo grupės laiko galima autizmo priežastimi, neturi jokios įtakos. ryšį su liga. Pastebėta išimtis yra ta, kad pirmieji autizmo simptomai gali pasireikšti maždaug tuo pačiu metu, kai suleidžiama MMR, nesvarbu, ar vaikai iš tikrųjų buvo paskiepyti, ar ne.
Naujausi šios ligos tyrimai rodo, kad skiepų ir autizmo ryšys yra mažesnis, o ryšys yra labiau susijęs su genetika. Išsamus tyrimas, kurį investavo didelė organizacija Autism Speaks, įvertino daugiau nei 2000 vaikų, siekiant nustatyti, ar yra genetinių veiksnių, skatinančių žmones susirgti autizmu, ir, pasirodo, yra. Jie tiesiog nėra pavieniai, o turi nedidelių defektų ar skirtumų daugelyje skirtingų genų. Akivaizdu, kad vienas genas nėra atsakingas už šią būklę, tačiau žmonės gali turėti daugybę genų, kurie labiau nuspėja autizmo atsiradimą.
Net ir turint visus šiuos įrodymus, negalima visais atvejais visiškai atmesti ryšio tarp skiepų ir autizmo. Tam prieštarauja tam tikri veiksniai. Imunizacijos lygis dabar sumažėjo dėl baimės, kad autizmą sukelia vakcinos, tačiau autizmo lygis ir toliau didėja. Autizmas berniukams pasireiškia daug dažniau nei mergaitėms, tačiau abiejų lyčių atstovai yra vienodai skiepijami.
Teisėtam mokslui nepavyko įrodyti ryšio tarp skiepų ir autizmo. Daugumą įrodymų, rodančių ryšį, pateikia pasauliečiai medikai, o jų neparemia rimtas mokslas. Beveik visos teisėtos medicinos organizacijos neigia ryšį ir išreiškia didelį susirūpinimą dėl galimų pavojų, kylančių vengiant skiepų.