Migdolinis kūnas yra smegenų struktūra, paprastai susijusi su emocinėmis būsenomis. Tačiau tarp migdolinio kūno ir atminties yra stiprus ryšys. Veikdama kartu su kitomis limbinės sistemos dalimis, pavyzdžiui, hipokampu, ši smegenų dalis padeda reguliuoti ir užkoduoti emocinius prisiminimus. Būsimą elgesį dažnai lemia emocinė atmintis. Emocijų, tokių kaip baimė, susiejimas su konkrečiu įvykiu gali padėti reaguoti į pavojingus dirgiklius arba malonumo jausmas su tam tikru maistu gali padėti ateityje pasirinkti dietą.
Yra dvi konkuruojančios teorijos, kaip migdolinis kūnas padeda formuotis emocinei atminčiai. Migdolinis kūnas tam tikru mastu gali tiesiogiai koduoti emocinę atmintį, dirbdamas su hipokampu. Be to, jis gali suteikti įvestį hipokampo atliekamam atminties apdorojimui. Kai kurie mokslininkai netgi pasiūlė sklandžią šių teorijų integraciją, kai emocijų ir atminties reguliavimas iš tikrųjų gali vykti naudojant veiklą abiejose šiose struktūrose. Migdolinis kūnas yra glaudžiai susijęs su atmintimi, net jei migdolinis kūnas pats nesusiformuoja prisiminimų.
Baimės atsako kondicionavimas yra svarbi jungtis tarp migdolinio kūno ir atminties, tačiau ši struktūra iš tikrųjų veikia atmintį kitais būdais. Atrodo, kad migdolinis kūnas reguliuoja, kaip kiti smegenų regionai koduoja ilgalaikius prisiminimus. Kai didesnis emocinis susijaudinimas įvykio metu suaktyvina šią smegenų dalį, atrodo, kad įvykis yra stipriau užkoduotas ir lengviau prisimenamas. Šis migdolinio kūno ir atminties ryšys gali paaiškinti, kodėl žmonės lengviau prisimena trauminius įvykius, nei tuos, kurie neturi emocinio turinio.
Migdolinio kūno ir atminties gebėjimas dirbti kartu gali būti labai svarbus išgyvenimui. Taip pat svarbu pažymėti, kad per stiprus ryšys ir pernelyg lengvas bauginančių ar traumuojančių įvykių prisiminimas gali būti trūkumas. Viena potrauminio streso sutrikimo (PTSD) teorija yra ta, kad stresą sukeliantys dirgikliai arba dirgikliai, panašūs į pradinį trauminį įvykį, per daug aktyvina migdolinį kūną. Savo ruožtu PTSD sergantis asmuo prisimena traumuojantį įvykį kartu su neigiamomis emocijomis, kurios iš pradžių jį lydėjo. Panašus per didelis aktyvavimas taip pat gali būti kai kurių nerimo sutrikimų formų požymis.
Net teigiamos emocijos gali palengvinti prisiminimų saugojimą. Bet kokio tipo emocinis susijaudinimas sukelia sinchronizuotą migdolinio kūno aktyvumą, kuris gali būti susijęs su padidėjusiu gebėjimu formuoti neuronų ryšius. Šie sustiprinti ryšiai gali paskatinti sąveiką, kuri leidžia greičiau prisiminti prisiminimus. Didesnės amygdalae gali turėti didesnį gebėjimą atlikti šį žygdarbį.