Sėklidžių cistų gydymas paprastai priklauso nuo cistos tipo. Kai kurie gydytojai pataria palikti cistas ramybėje, kurios neatrodo įtartinos, kad įsitikintų, ar jos savaime išnyksta. Gydytojai kartais naudoja adatas, norėdami ištraukti skysčius iš probleminių cistų, kurios yra nekenksmingos, tačiau laikui bėgant nesumažėja. Šios cistos taip pat gali būti pašalintos chirurginiu būdu. Ant sėklidžių susidaro keletas vėžinių ir ikivėžinių cistų, kurios dažniausiai taip pat pašalinamos chirurginiu būdu. Nors daugelis sėklidžių cistų pasirodo esąs nekenksmingos, jas radę vyrai visada turėtų kreiptis į gydytojus, kad būtų saugu.
Kai tik bus aptikta sėklidžių cista, greičiausiai prireiks gydytojo vizito ir ultragarso. Ultragarsas turėtų padėti gydytojui nustatyti cistos pobūdį, o tai gali padėti nuspręsti, kokio tipo gydymą taikyti. Sėklidžių cistos dažnai yra spermatocelės, atsirandančios, kai spermatozoidai įstringa mažame skysčio pripildytame maišelyje, esančiame tiesiai po oda. Spermatocelėms paprastai nereikia gydymo, o gydytojai dažnai pataria pacientams, sergantiems tokio tipo cistomis, taikyti laukimo ir žiūrėjimo metodą. Jei cista laikui bėgant nesumažėja arba neišnyksta, pacientui gali tekti grįžti pas gydytoją ir cistą nusausinti arba chirurginiu būdu pašalinti.
Nors spermatocelės paprastai nėra skausmingos cistos, kitų tipų sėklidžių cistos yra. Jei sėklidžių cista žmogui sukelia didžiulį skausmą, jo gydytojas tikriausiai imsis ir pašalins ją chirurginiu būdu, kad pacientas galėtų šiek tiek palengvėti. Sėklidžių cistos pašalinimas paprastai yra ambulatorinė procedūra, o tai reiškia, kad vyrui paprastai nereikia likti per naktį ligoninėje. Procedūra gali būti atliekama gydytojo kabinete naudojant vietinį anestetiką. Daugeliu atvejų pasveikimas turėtų būti baigtas per dvi savaites, tada gali prireikti grįžti į gydytojo kabinetą tolesniam vizitui.
Cistas ant sėklidžių, kurios yra vėžinės arba ikivėžinės, beveik visada turi būti pašalintos chirurginiu būdu. Be chirurginio pašalinimo, taip pat gali prireikti spinduliuotės ar chemoterapijos, atsižvelgiant į tai, kaip vėžys yra pažengęs arba ar jis išplito į kitas kūno dalis. Gydytojai paprastai turi atlikti sėklidžių cistų biopsijas, kad nustatytų, ar jos yra vėžinės, tačiau biopsijos paprastai neužsakomos, nebent pirminiai ultragarsiniai tyrimai rodo vėžio masių buvimą. Dauguma sėklidžių cistų nėra vėžinės, tačiau visas cistas turi patikrinti gydytojas, nepaisant to.