Šlapimo sepsio gydymas priklauso nuo ligos stadijos, kuri yra organizmo infekcijos komplikacija. Norint anksti ir agresyviai gydyti problemą, gali prireikti kelių vaistų. Sunkesniais šlapimo sepsio atvejais gali prireikti atidaus stebėjimo ir operacijos. Ankstyvas gydymas padidina paciento galimybes išgyventi, o simptomų ignoravimas gali sukelti septinį šoką arba mirtį.
Diagnozavęs šlapimo sepsį, gydytojas pacientui skiria tam tikrų rūšių vaistus, kuriais gydoma infekcija. Plataus spektro antibiotikai paprastai leidžiami į veną, siekiant atsikratyti įprastų bakterijų, sukeliančių ligas organizme. Tada gydytojas atlieka papildomus kraujo tyrimus, kad nustatytų konkretų bakterijų, sukeliančių sepsį, šaltinį. Kai bus gauti rezultatai, pacientas gali pereiti prie naujo antibiotiko, skirto tam tikram infekcijos šaltiniui.
Jei reikia, gydytojas taip pat gali skirti kitų vaistų kraujospūdžiui ir cukraus kiekiui kraujyje kontroliuoti. Vazopresoriai padeda gydyti sepsiu sergančius pacientus, kurių kraujospūdis nukrenta iki pavojingai žemo lygio. Šie vaistai kontroliuoja kraujospūdį, sutraukdami kūno kraujagysles. Insulinas taip pat gali būti skiriamas cukraus kiekiui kraujyje stabilizuoti gydant šlapimo sepsį.
Taip pat reikia atkreipti dėmesį į kitus su infekcija susijusius simptomus. Gydytojas gali skirti vaistų, kad imuninė sistema nesusilpnėtų. Mažos dozės kortikosteroidai gali būti skiriami uždegimui gydyti, o raminamieji ir skausmą malšinantys vaistai padeda sumažinti diskomfortą dėl ligos.
Skysčių terapija taip pat gali būti skirta pacientams, kuriems yra sunkus šlapimo sepsio atvejis. Gydymo metu pacientai gauna kelis kiekius skysčių į veną, kad būtų išvengta tolesnės žalos organizmui. IV skysčiai padeda apsaugoti gyvybiškai svarbius organus, taip pat reguliuoja kraujospūdį, kad pacientas nepatirtų šoko. Remiantis vienu medicinos šaltiniu, standartiniai IV skysčių tipai, naudojami sepsiui gydyti, yra kristaloidai ir koloidai. Kristaloidai susideda iš vandenyje tirpaus fiziologinio tirpalo, kuris patenka į kraują, o koloidai – iš tirštesnės, sunkiau tirpstančios medžiagos, pavyzdžiui, kraujo.
Atsižvelgiant į pacientą ir sepsio sunkumą, gali būti taikomos papildomos terapijos ir procedūros, siekiant apsaugoti kitas organizmo funkcijas. Pavyzdžiui, deguonis iš ventiliatoriaus gali padėti pacientui lengviau kvėpuoti. Taip pat gali būti atliekama inkstų dializė, siekiant padėti inkstams filtruoti toksinus iš kraujo. Kai kuriais atvejais gali prireikti operacijos, siekiant pašalinti pūlinius ar pūlius, taip pat pašalinti infekcijos šaltinį.